SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-136427"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-136427" > Excap :

Excap : maximization of haplotypic diversity of linked markers

Kahles, André (författare)
KTH,Beräkningsbiologi, CB,Stockholm Bioinformatics Center,Kungliga Tekniska Högskolan
Sarqume, Fahad (författare)
KTH,Skolan för bioteknologi (BIO),Kungliga Tekniska Högskolan
Savolainen, Peter (författare)
KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Kungliga Tekniska Högskolan
visa fler...
Arvestad, Lars (författare)
KTH,Beräkningsbiologi, CB,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Stockholms universitet,Numerisk analys och datalogi (NADA),Kungliga Tekniska Högskolan
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2013-11-07
2013
Engelska.
Ingår i: PLOS ONE. - : PLOS. - 1932-6203. ; 8:11, s. e79012-
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Genetic markers, defined as variable regions of DNA, can be utilized for distinguishing individuals or populations. As long as markers are independent, it is easy to combine the information they provide. For nonrecombinant sequences like mtDNA, choosing the right set of markers for forensic applications can be difficult and requires careful consideration. In particular, one wants to maximize the utility of the markers. Until now, this has mainly been done by hand. We propose an algorithm that finds the most informative subset of a set of markers. The algorithm uses a depth first search combined with a branch-and-bound approach. Since the worst case complexity is exponential, we also propose some data-reduction techniques and a heuristic. We implemented the algorithm and applied it to two forensic caseworks using mitochondrial DNA, which resulted in marker sets with significantly improved haplotypic diversity compared to previous suggestions. Additionally, we evaluated the quality of the estimation with an artificial dataset of mtDNA. The heuristic is shown to provide extensive speedup at little cost in accuracy.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)

Nyckelord

Mitochondrial-Dna
Coding Region
Mtdna
Identification
Sequence
Genome

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • PLOS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy