Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-14253" >
A high-throughput s...
A high-throughput strategy for protein profiling in cell microarrays using automated image analysis
-
- Strömberg, Sara (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi
-
- Gry Björklund, Marcus (författare)
- KTH,Proteomik
-
- Asplund, Caroline (författare)
- KTH,Proteomik
-
visa fler...
-
- Sköllermo, Anna (författare)
- KTH,Proteomik
-
- Persson, Anja (författare)
- KTH,Proteomik
-
- Wester, Kenneth (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi
-
- Kampf, Caroline (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi
-
- Nilsson, Peter (författare)
- KTH,Proteomik
-
- Andersson, Ann-Catrin (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi
-
- Uhlén, Mathias (författare)
- KTH,Proteomik
-
- Kononen, Juha (författare)
- Beecher Instruments, Sun Prairie, WI, United States
-
- Pontén, Fredrik (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi
-
- Asplund, Anna (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Wiley, 2007
- 2007
- Engelska.
-
Ingår i: Proteomics. - : Wiley. - 1615-9853 .- 1615-9861. ; 7:13, s. 2142-2150
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Advances in antibody production render a growing supply of affinity reagents for immunohistochemistry (IHC), and tissue microarray (TMA) technologies facilitate simultaneous analysis of protein expression in a multitude of tissues. However, collecting validated IHC data remains a bottleneck problem, as the standard method is manual microscopical analysis. Here we present a high-throughput strategy combining IHC on a recently developed cell microarray with a novel, automated image-analysis application (TMAx). The software was evaluated on 200 digital images of IHC-stained cell spots, by comparing TMAx annotation with manual annotation performed by seven human experts. A high concordance between automated and manual annotation of staining intensity and fraction of IHC-positive cells was found. in a limited study, we also investigated the possibility to assess the correlation between mRNA and protein levels, by using TMAx output results for relative protein quantification and quantitative real-time PCR for the quantification of corresponding transcript levels. In conclusion, automated analysis of immunohistochemically stained in vitro-cultured cells in a microarray format can be used for high-throughput protein profiling, and extraction of RNA from the same cell lines provides a basis for comparing transcription and protein expression on a global scale.
Ämnesord
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Industriell bioteknik (hsv//swe)
- ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Industrial Biotechnology (hsv//eng)
Nyckelord
- antibody proteornics
- automated image analysis
- cell line
- immunohistochemistry
- tissue microarray
- Bioengineering
- Bioteknik
- MEDICINE
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Strömberg, Sara
-
Gry Björklund, M ...
-
Asplund, Carolin ...
-
Sköllermo, Anna
-
Persson, Anja
-
Wester, Kenneth
-
visa fler...
-
Kampf, Caroline
-
Nilsson, Peter
-
Andersson, Ann-C ...
-
Uhlén, Mathias
-
Kononen, Juha
-
Pontén, Fredrik
-
Asplund, Anna
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER
-
TEKNIK OCH TEKNO ...
-
och Industriell biot ...
- Artiklar i publikationen
-
Proteomics
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Uppsala universitet