Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-158275" >
The lung-specific p...
The lung-specific proteome defined by integration of transcriptomics and antibody-based profiling
-
- Lindskog, Cecilia (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär och morfologisk patologi
-
- Fagerberg, Linn (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Hallström, Björn (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa fler...
-
Edlund, Karolina (författare)
-
Hellwig, Birte (författare)
-
Rahnenführer, Jörg (författare)
-
- Kampf, Caroline (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär och morfologisk patologi
-
- Uhlén, Mathias (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Pontén, Fredrik (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär och morfologisk patologi
-
- Micke, Patrick (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär och morfologisk patologi
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2014-08-28
- 2014
- Engelska.
-
Ingår i: The FASEB Journal. - : Wiley. - 0892-6638 .- 1530-6860. ; 28:12, s. 5184-5196
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The combined action of multiple cell types is essential for the physiological function of the lung, and increased awareness of the molecular constituents characterizing each cell type is likely to advance the understanding of lung biology and disease. In the current study, we used genome-wide RNA sequencing of normal lung parenchyma and 26 additional tissue types, combined with antibody-based protein profiling, to localize the expression to specific cell types. Altogether, 221 genes were found to be elevated in the lung compared with their expression in other analyzed tissues. Among the gene products were several well-known markers, but also several proteins previously not described in the context of the lung. To link the lungspecific molecular repertoire to human disease, survival associations of pneumocyte-specific genes were assessed by using transcriptomics data from 7 non-small-cell lung cancer (NSCLC) cohorts. Transcript levels of 10 genes (SFTPB, SFTPC, SFTPD, SLC34A2, LAMP3, CACNA2D2, AGER, EMP2, NKX2-1, and NAPSA) were significantly associated with survival in the adenocarcinoma subgroup, thus qualifying as promising biomarker candidates. In summary, based on an integrated omics approach, we identified genes with elevated expression in lung and localized corresponding protein expression to different cell types. As biomarker candidates, these proteins may represent intriguing starting points for further exploration in health and disease.-Lindskog, C., Fagerberg, L., Hallstrom, B., Edlund, K., Hellwig, B., Rahnenfuhrer, J., Kampf, C., Uhlen, M., Ponten, F., Micke, P. The lung-specific proteome defined by integration of transcriptomics and antibody-based profiling.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Immunologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Immunology in the medical area (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- patients
- prognosis
- expression analysis
- in situ detection
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lindskog, Cecili ...
-
Fagerberg, Linn
-
Hallström, Björn
-
Edlund, Karolina
-
Hellwig, Birte
-
Rahnenführer, Jö ...
-
visa fler...
-
Kampf, Caroline
-
Uhlén, Mathias
-
Pontén, Fredrik
-
Micke, Patrick
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Immunologi inom ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
- Artiklar i publikationen
-
The FASEB Journa ...
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Uppsala universitet