Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-193964" >
A recombinant prote...
A recombinant protein standard resource for targeted proteomics
-
- Edfors, Fredrik, 1988- (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Uhlen
-
- Forsström, Björn (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Fredolini, Claudia (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa fler...
-
- Boström, Tove (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Albanova VinnExcellence Center for Protein Technology, ProNova,Atlas Antibodies AB
-
- Maddalo, Gianluca (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Svensson, Anne-Sophie (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Albanova VinnExcellence Center for Protein Technology, ProNova
-
- Tegel, Hanna (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Albanova VinnExcellence Center for Protein Technology, ProNova
-
- Nilsson, Peter (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Jochen, Schwenk (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Uhlén, Mathias (författare)
- KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Albanova VinnExcellence Center for Protein Technology, ProNova,Technical University of Denmark, Denmark
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Engelska.
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Here, we have used a resource of 26,000 recombinant protein fragments to create custom libraries of standards for targeted proteomics based on parallel reaction monitoring (PRM). The recombinant fragments can be produced in a bacterial cell factory to generate heavy isotope labeled standards for absolute quantification of the corresponding protein targets and be used to produce high- quality spectral libraries. Altogether, coordinates for 25,684 unique proteotypic peptide assays have been experimentally defined covering 10,163 human proteins. The protocol allows for precise monitoring of digestion kinetics and thus enables to select peptides that behave quantitative during the sample preparation process. We show that the quantification tag of each recombinant protein fragment can be used for accurate retention time prediction and allows for assay standardization across different method parameters. The use of this resource was illustrated by determining the absolute concentrations of selected protein targets using multiplex targeted proteomics assays for determination of quantitative assessment of 49 protein targets in serum samples.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Bioteknologi
- Biotechnology
Publikations- och innehållstyp
- vet (ämneskategori)
- ovr (ämneskategori)
- Av författaren/redakt...
-
Edfors, Fredrik, ...
-
Forsström, Björn
-
Fredolini, Claud ...
-
Boström, Tove
-
Maddalo, Gianluc ...
-
Svensson, Anne-S ...
-
visa fler...
-
Tegel, Hanna
-
Nilsson, Peter
-
Jochen, Schwenk
-
Uhlén, Mathias
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan