Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-312021" >
Genome-wide single ...
Genome-wide single cell annotation of the human protein-coding genes
-
- Karlsson, Max (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
- Alvez, Maria Bueno (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
- Shi, Mengnan (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
visa fler...
-
- Zhang, Cheng (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
Méar, Loren (författare)
-
- Zhong, Wen (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
Schutten, Rutger (författare)
-
Hikmet, Feria (författare)
-
Digre, Andreas (författare)
-
Katona, Borbala (författare)
-
Vuu, Jimmy (författare)
-
Sjöstedt, Evelina (författare)
-
Bosic, Martina (författare)
-
- Edfors, Fredrik (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
- Oksvold, Per (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
- von Feilitzen, Kalle (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
- Zwahlen, Martin (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
- Forsberg, Mattias (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
- Johansson, Fredric (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
Mulder, Jan (författare)
-
- Mardinoglu, Adil (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
- Sivertsson, Åsa (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
Ponten, Fredrik (författare)
-
Lindskog, Cecilia (författare)
-
- Fagerberg, Linn (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
- Uhlén, Mathias (författare)
- KTH,Proteinvetenskap
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Engelska.
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- An important quest for the life science community is to deliver a complete annotation of the human building-blocks of life, the genes and the proteins. Here, we report on a genome-wide effort to annotate all protein-coding genes based on single cell transcriptomics data representing all major tissues and organs in the human body, integrated with data from bulk transcriptomics and antibody-based tissue profiling. Altogether, 25 tissues have been analyzed with single cell transcriptomics resulting in genome-wide expression in 444 single cell types using a strategy involving pooling data from individual cells to obtain genome-wide expression profiles of individual cell type. We introduce a new genome-wide classification tool based on clustering of similar expression profiles across single cell types, which can be visualized using dimensional reduction maps (UMAP). The clustering classification is integrated with a new “tau” score classification for all protein-coding genes, resulting in a measure of single cell specificity across all cell types for all individual genes. The analysis has allowed us to annotate all human protein-coding genes with regards to function and spatial distribution across individual cell types across all major tissues and organs in the human body. A new version of the open access Human Protein Atlas (www.proteinatlas.org) has been launched to enable researchers to explore the new genome-wide annotation on an individual gene level.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- protein
- annotation
- clustering
- specificity
- tissue
- single-cell
- RNA-Seq
- scRNA-Seq
- Biotechnology
- Bioteknologi
Publikations- och innehållstyp
- vet (ämneskategori)
- ovr (ämneskategori)
- Av författaren/redakt...
-
Karlsson, Max
-
Alvez, Maria Bue ...
-
Shi, Mengnan
-
Zhang, Cheng
-
Méar, Loren
-
Zhong, Wen
-
visa fler...
-
Schutten, Rutger
-
Hikmet, Feria
-
Digre, Andreas
-
Katona, Borbala
-
Vuu, Jimmy
-
Sjöstedt, Evelin ...
-
Bosic, Martina
-
Edfors, Fredrik
-
Oksvold, Per
-
von Feilitzen, K ...
-
Zwahlen, Martin
-
Forsberg, Mattia ...
-
Johansson, Fredr ...
-
Mulder, Jan
-
Mardinoglu, Adil
-
Sivertsson, Åsa
-
Ponten, Fredrik
-
Lindskog, Cecili ...
-
Fagerberg, Linn
-
Uhlén, Mathias
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan