SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-312239"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-312239" > Proteomics Standard...

Proteomics Standards Initiative's ProForma 2.0 : Unifying the Encoding of Proteoforms and Peptidoforms br

LeDuc, Richard D. (författare)
Northwestern Univ, Natl Resource Translat & Dev Prote, Evanston, IL 60611 USA.
Deutsch, Eric W. (författare)
Inst Syst Biol, Seattle, WA 98109 USA.
Binz, Pierre-Alain (författare)
Lausanne Univ Hosp, Clin Chem Serv, CH-1011 Lausanne, Switzerland.
visa fler...
Fellers, Ryan T. (författare)
Northwestern Univ, Natl Resource Translat & Dev Prote, Evanston, IL 60611 USA.
Cesnik, Anthony J. (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Cellulär och klinisk proteomik,Stanford Univ, Dept Genet, Stanford, CA 94305 USA.;Chan Zuckerberg Biohub, San Francisco, CA 94158 USA.
Klein, Joshua A. (författare)
Boston Univ, Program Bioinformat, Boston, MA 02215 USA.
Van den Bossche, Tim (författare)
VIB UGent Ctr Med Biotechnol, B-9052 Ghent, Belgium.;Univ Ghent, Fac Med & Hlth Sci, Dept Biomol Med, B-9000 Ghent, Belgium.
Gabriels, Ralf (författare)
VIB UGent Ctr Med Biotechnol, B-9052 Ghent, Belgium.;Univ Ghent, Fac Med & Hlth Sci, Dept Biomol Med, B-9000 Ghent, Belgium.
Yalavarthi, Arshika (författare)
Northwestern Univ, Natl Resource Translat & Dev Prote, Evanston, IL 60611 USA.
Perez-Riverol, Yasset (författare)
EMBL European Bioinformat Inst EMBL EBI, European Mol Biol Lab, Cambridge CB10 1SD, England.
Carver, Jeremy (författare)
UCSD, Ctr Computat Mass Spectrometry, Dept Comp Sci & Engn, La Jolla, CA 92093 USA.;UCSD, Skaggs Sch Pharm & Pharmaceut Sci, La Jolla, CA 92093 USA.
Bittremieux, Wout (författare)
UCSD, Skaggs Sch Pharm & Pharmaceut Sci, La Jolla, CA 92093 USA.;UCSD, Ctr Computat Mass Spectrometry, La Jolla, CA 92093 USA.
Kawano, Shin (författare)
Toyama Univ Int Studies, Toyama, Toyama 9301292, Japan.;Res Org Informat & Syst, Joint Support Ctr Data Sci Res, Database Ctr Life Sci, Kashiwa, Chiba 2770871, Japan.
Pullman, Benjamin (författare)
UCSD, Ctr Computat Mass Spectrometry, La Jolla, CA 92093 USA.;UCSD, Dept Comp Sci & Engn, La Jolla, CA 92093 USA.
Bandeira, Nuno (författare)
UCSD, Ctr Computat Mass Spectrometry, Dept Comp Sci & Engn, La Jolla, CA 92093 USA.;UCSD, Skaggs Sch Pharm & Pharmaceut Sci, La Jolla, CA 92093 USA.
Kelleher, Neil L. (författare)
Northwestern Univ, Natl Resource Translat & Dev Prote, Evanston, IL 60611 USA.
Thomas, Paul M. (författare)
Northwestern Univ, Natl Resource Translat & Dev Prote, Evanston, IL 60611 USA.;AbbVie Inc, 1401 Sheridan Rd, N Chicago, IL 60064 USA.
Vizcaino, Juan Antonio (författare)
EMBL European Bioinformat Inst EMBL EBI, European Mol Biol Lab, Cambridge CB10 1SD, England.
visa färre...
Northwestern Univ, Natl Resource Translat & Dev Prote, Evanston, IL 60611 USA Inst Syst Biol, Seattle, WA 98109 USA. (creator_code:org_t)
2022-03-15
2022
Engelska.
Ingår i: Journal of Proteome Research. - : American Chemical Society (ACS). - 1535-3893 .- 1535-3907. ; 21:4, s. 1189-1195
Relaterad länk:
https://urn.kb.se/re...
visa fler...
https://doi.org/10.1...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • It is important for the proteomics community to have a standardizedmanner to represent all possible variations of a protein or peptide primary sequence,including natural, chemically induced, and artifactual modifications. The HumanProteome Organization Proteomics Standards Initiative in collaboration with severalmembers of the Consortium for Top-Down Proteomics (CTDP) has developed astandard notation called ProForma 2.0, which is a substantial extension of the originalProForma notation developed by the CTDP. ProForma 2.0 aims to unify therepresentation of proteoforms and peptidoforms. ProForma 2.0 supports use casesneeded for bottom-up and middle-/top-down proteomics approaches and allows theencoding of highly modified proteins and peptides using a human- and machine-readable string. ProForma 2.0 can be used to represent protein modifications in a specified or ambiguous location, designated bymass shifts, chemical formulas, or controlled vocabulary terms, including cross-links (natural and chemical) and atomic isotopes.Notational conventions are based on public controlled vocabularies and ontologies. The most up-to-date full specification documentand information about software implementations are available athttp://psidev.info/proforma.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)

Nyckelord

ProForma
proteoform
peptidoform
top-down proteomics
file formats
data standards
mass spectrometry
FAIR

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy