Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-314884" >
Prediction of drug ...
Prediction of drug candidates for clear cell renal cell carcinoma using a systems biology-based drug repositioning approach
-
- Li, Xiangyu (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi,Bash Biotech Inc, 600 Est Broadway,Suite 700, San Diego, CA 92101 USA.,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Shong, Ko Eun (författare)
- KTH,Systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Zhengzhou Univ, Minist Educ, Sch Pharmaceut Sci, Key Lab Adv Drug Preparat Technol, Zhengzhou 450001, Peoples R China.
-
- Kim, Woonghee (författare)
- KTH,Systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
visa fler...
-
- Yuan, Meng (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Yang, Hong (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Sato, Yusuke (författare)
- University of Tokyo, Japan,Kyoto Univ, Inst Adv Study Human Biol WPI ASHBi, Dept Pathol & Tumor Biol, Kyoto 6068501, Japan.;Univ Tokyo, Grad Sch Med, Dept Urol, Tokyo 1138654, Japan.
-
- Kume, Haruki (författare)
- University of Tokyo, Japan,Univ Tokyo, Grad Sch Med, Dept Urol, Tokyo 1138654, Japan.
-
- Ogawa, Seishi (författare)
- Kyoto Univ, Inst Adv Study Human Biol WPI ASHBi, Dept Pathol & Tumor Biol, Kyoto 6068501, Japan.;Karolinska Inst, Dept Med, Ctr Hematol & Regenerat Med, SE-17177 Stockholm, Sweden.,Karolinska Institutet
-
- Turkez, Hasan (författare)
- Ataturk Univ, Fac Med, Dept Med Biol, TR-25240 Erzurum, Turkey.,Atatürk Üniversitesi,Atatürk University
-
- Shoaie, Saeed (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi,Kings Coll London, Fac Dent Oral & Craniofacial Sci, Ctr Host Microbiome Interact, London SE1 9RT, England.,King's College London,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Borén, Jan, 1963 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för molekylär och klinisk medicin,Institute of Medicine, Department of Molecular and Clinical Medicine,Univ Gothenburg, Sahlgrenska Univ Hosp, Dept Mol & Clin Med, SE-41345 Gothenburg, Sweden.
-
- Nielsen, Jens B, 1962 (författare)
- Chalmers Univ Technol, Dept Biol & Biol Engn, SE-41296 Gothenburg, Sweden.;BioInnovat Inst, DK-2200 Copenhagen N, Denmark.,BioInnovation Institute (BII),Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Uhlén, Mathias (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Zhang, Cheng (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi,Zhengzhou Univ, Minist Educ, Sch Pharmaceut Sci, Key Lab Adv Drug Preparat Technol, Zhengzhou 450001, Peoples R China.,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH),Zhengzhou University
-
- Mardinoglu, Adil (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi,Kings Coll London, Fac Dent Oral & Craniofacial Sci, Ctr Host Microbiome Interact, London SE1 9RT, England.,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH),King's College London
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Elsevier BV, 2022
- 2022
- Engelska.
-
Ingår i: EBioMedicine. - : Elsevier BV. - 2352-3964. ; 78, s. 103963-
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://research.cha... (primary) (free)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://research.cha...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- SummaryBackground: The response rates of the clinical chemotherapies are still low in clear cell renal cell carcinoma (ccRCC). Computational drug repositioning is a promising strategy to discover new uses for existing drugs to treat patients who cannot get benefits from clinical drugs.Methods: We proposed a systematic approach which included the target prediction based on the co-expression network analysis of transcriptomics profiles of ccRCC patients and drug repositioning for cancer treatment based on the analysis of shRNA-and drug-perturbed signature profiles of human kidney cell line.Findings: First, based on the gene co-expression network analysis, we identified two types of gene modules in ccRCC, which significantly enriched with unfavorable and favorable signatures indicating poor and good survival outcomes of patients, respectively. Then, we selected four genes, BUB1B, RRM2, ASF1B and CCNB2, as the potential drug targets based on the topology analysis of modules. Further, we repurposed three most effective drugs for each target by applying the proposed drug repositioning approach. Finally, we evaluated the effects of repurposed drugs using an in vitro model and observed that these drugs inhibited the protein levels of their corresponding target genes and cell viability.Interpretation: These findings proved the usefulness and efficiency of our approach to improve the drug repositioning researches for cancer treatment and precision medicine.Funding: This study was funded by Knut and Alice Wallenberg Foundation and Bash Biotech Inc., San Diego, CA, USA.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinsk bioteknologi -- Medicinsk bioteknologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Medical Biotechnology -- Medical Biotechnology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Farmakologi och toxikologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Pharmacology and Toxicology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Farmaceutiska vetenskaper (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Pharmaceutical Sciences (hsv//eng)
Nyckelord
- Systems biology
- Co-expression network
- Target chemotherapy
- Drug repositioning
- ccRCC
- ccRCC
- Co-expression network
- Drug repositioning
- Systems biology
- Target chemotherapy
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Li, Xiangyu
-
Shong, Ko Eun
-
Kim, Woonghee
-
Yuan, Meng
-
Yang, Hong
-
Sato, Yusuke
-
visa fler...
-
Kume, Haruki
-
Ogawa, Seishi
-
Turkez, Hasan
-
Shoaie, Saeed
-
Borén, Jan, 1963
-
Nielsen, Jens B, ...
-
Uhlén, Mathias
-
Zhang, Cheng
-
Mardinoglu, Adil
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinsk biotek ...
-
och Medicinsk biotek ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Farmakologi och ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Farmaceutiska ve ...
- Artiklar i publikationen
-
EBioMedicine
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Chalmers tekniska högskola
-
Göteborgs universitet
-
Karolinska Institutet