SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-326141"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-326141" > Spatially resolved ...

Spatially resolved transcriptomic profiling of degraded and challenging fresh frozen samples

Mirzazadeh, Reza (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi
Andrusivova, Zaneta (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi
Larsson, Ludvig (författare)
KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
visa fler...
Newton, Phillip T (författare)
Karolinska Institutet
Galicia, Leire Alonso (författare)
KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Abalo, Xesús M (författare)
KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Avijgan, Mahtab (författare)
Karolinska Institutet
Kvastad, Linda (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi
Denadai-Souza, Alexandre (författare)
Department of Chronic Diseases and Metabolism, Katholieke Universiteit te Leuven, Leuven, Belgium
Stakenborg, Nathalie (författare)
Department of Chronic Diseases and Metabolism, Katholieke Universiteit te Leuven, Leuven, Belgium
Firsova, Alexandra B (författare)
Department of Molecular Biosciences, Wenner-Gren Institute, Stockholm University, Science for Life Laboratory, Stockholm, Sweden
Shamikh, Alia (författare)
Department of Oncology-Pathology, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
Jurek, Alexandra (författare)
10x Genomics, Stockholm, Sweden
Schultz, Niklas (författare)
Karolinska Institutet
Nistér, Monica (författare)
Karolinska Institutet
Samakovlis, Christos (författare)
Department of Molecular Biosciences, Wenner-Gren Institute, Stockholm University, Science for Life Laboratory, Stockholm, Sweden
Boeckxstaens, Guy (författare)
Department of Chronic Diseases and Metabolism, Katholieke Universiteit te Leuven, Leuven, Belgium
Lundeberg, Joakim (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2023-01-31
2023
Engelska.
Ingår i: Nature Communications. - : Springer Nature. - 2041-1723. ; 14:1
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
http://kipublication...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Spatially resolved transcriptomics has enabled precise genome-wide mRNA expression profiling within tissue sections. The performance of methods targeting the polyA tails of mRNA relies on the availability of specimens with high RNA quality. Moreover, the high cost of currently available spatial resolved transcriptomics assays requires a careful sample screening process to increase the chance of obtaining high-quality data. Indeed, the upfront analysis of RNA quality can show considerable variability due to sample handling, storage, and/or intrinsic factors. We present RNA-Rescue Spatial Transcriptomics (RRST), a workflow designed to improve mRNA recovery from fresh frozen specimens with moderate to low RNA quality. First, we provide a benchmark of RRST against the standard Visium spatial gene expression protocol on high RNA quality samples represented by mouse brain and prostate cancer samples. Then, we test the RRST protocol on tissue sections collected from five challenging tissue types, including human lung, colon, small intestine, pediatric brain tumor, and mouse bone/cartilage. In total, we analyze 52 tissue sections and demonstrate that RRST is a versatile, powerful, and reproducible protocol for fresh frozen specimens of different qualities and origins. 

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy