id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-330043"
Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-330043" > Sigmoid Accelerated...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Sigmoid Accelerated Molecular Dynamics : An Efficient Enhanced Sampling Method for Biosystems
-
- Zhao, Yihao (författare)
- College of Pharmaceutical Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, Zhejiang, China, Zhejiang
-
- Zhang, Jintu (författare)
- College of Pharmaceutical Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, Zhejiang, China, Zhejiang; CarbonSilicon AI Technology Company, Ltd., Hangzhou 310018, Zhejiang, China, Zhejiang
-
- Zhang, Haotian (författare)
- College of Pharmaceutical Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, Zhejiang, China, Zhejiang; CarbonSilicon AI Technology Company, Ltd., Hangzhou 310018, Zhejiang, China, Zhejiang
- visa fler...
- visa färre...
- College of Pharmaceutical Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, Zhejiang, China, Zhejiang College of Pharmaceutical Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, Zhejiang, China, Zhejiang; CarbonSilicon AI Technology Company, Ltd, Hangzhou 310018, Zhejiang, China, Zhejiang (creator_code:org_t)
- 2023-01-26
- 2023
- Engelska.
- Ingår i: Journal of Physical Chemistry Letters. - : American Chemical Society (ACS). - 1948-7185 .- 1948-7185. ; 14:4, s. 1103-1112
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Gaussian accelerated molecular dynamics (GaMD) is recognized as a popular enhanced sampling method for tackling long-standing challenges in biomolecular simulations. Inspired by GaMD, Sigmoid accelerated molecular dynamics (SaMD) is proposed in this work by adding a Sigmoid boost potential to improve the balance between the highest acceleration and accurate reweighting. Compared with GaMD, SaMD extends the accessible time scale and improves the computational efficiency as tested in three tasks. In the alanine dipeptide task, SaMD can produce the free energy landscape with better accuracy and efficiency. In the chignolin folding task, the estimated Gibbs free energy difference can converge to the experimental value ∼30% faster. In the protein-ligand binding task, the bound conformations are closer to the crystal structure with a minimal ligand root-mean-square deviation of 1.7 Å. The binding of the ligand XK263 to the HIV protease is reproduced by SaMD in ∼60% less simulation time.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Kemi -- Fysikalisk kemi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Chemical Sciences -- Physical Chemistry (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
- Journal of Physical Chemistry Letters (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Zhao, Yihao
- Zhang, Jintu
- Zhang, Haotian
- Gu, Shukai
- Deng, Yafeng
- Tu, Yaoquan
- visa fler...
- Hou, Tingjun
- Kang, Yu
- visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Kemi
- och Fysikalisk kemi
- Artiklar i publikationen
- Journal of Physi ...
- Av lärosätet
- Kungliga Tekniska Högskolan
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
