id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-344022"
Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-344022" > A human stomach cel...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
A human stomach cell type transcriptome atlas
-
- Öling, S. (författare)
- Department of Clinical Medicine, Translational Vascular Research, The Arctic University of Norway, 9019, Tromsø, Norway,Arctic Univ Norway, Dept Clin Med, Translat Vasc Res, N-9019 Tromso, Norway.
-
- Struck, E. (författare)
- Department of Clinical Medicine, Translational Vascular Research, The Arctic University of Norway, 9019, Tromsø, Norway,Arctic Univ Norway, Dept Clin Med, Translat Vasc Res, N-9019 Tromso, Norway.
-
- Noreen-Thorsen, M. (författare)
- Department of Clinical Medicine, Translational Vascular Research, The Arctic University of Norway, 9019, Tromsø, Norway,Arctic Univ Norway, Dept Clin Med, Translat Vasc Res, N-9019 Tromso, Norway.
- visa fler...
- visa färre...
- Department of Clinical Medicine, Translational Vascular Research, The Arctic University of Norway, 9019, Tromsø, Norway Arctic Univ Norway, Dept Clin Med, Translat Vasc Res, N-9019 Tromso, Norway (creator_code:org_t)
- Springer Nature, 2024
- 2024
- Engelska.
- Ingår i: BMC Biology. - : Springer Nature. - 1741-7007. ; 22:1
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Background: The identification of cell type-specific genes and their modification under different conditions is central to our understanding of human health and disease. The stomach, a hollow organ in the upper gastrointestinal tract, provides an acidic environment that contributes to microbial defence and facilitates the activity of secreted digestive enzymes to process food and nutrients into chyme. In contrast to other sections of the gastrointestinal tract, detailed descriptions of cell type gene enrichment profiles in the stomach are absent from the major single-cell sequencing-based atlases. Results: Here, we use an integrative correlation analysis method to predict human stomach cell type transcriptome signatures using unfractionated stomach RNAseq data from 359 individuals. We profile parietal, chief, gastric mucous, gastric enteroendocrine, mitotic, endothelial, fibroblast, macrophage, neutrophil, T-cell, and plasma cells, identifying over 1600 cell type-enriched genes. Conclusions: We uncover the cell type expression profile of several non-coding genes strongly associated with the progression of gastric cancer and, using a sex-based subset analysis, uncover a panel of male-only chief cell-enriched genes. This study provides a roadmap to further understand human stomach biology.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Bulk RNAseq
- Cell profiling
- Gene enrichment
- Stomach
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Öling, S.
- Struck, E.
- Noreen-Thorsen, ...
- Zwahlen, Martin
- von Feilitzen, K ...
- Odeberg, Jacob, ...
- visa fler...
- Pontén, Fredrik
- Lindskog, Cecili ...
- Uhlén, Mathias
- Dusart, Philip
- Butler, Lynn M.
- visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Medicinska och f ...
- och Cell och molekyl ...
- Artiklar i publikationen
- BMC Biology
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
