Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:liu-164644" >
Phylogenetically in...
Phylogenetically informative mutations in genes implicated in antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis complex
-
- Merker, Matthias (författare)
- German Ctr Infect Res DZIF, Germany; Res Ctr Borstel, Germany
-
- Kohl, Thomas A. (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Barilar, Ivan (författare)
- German Ctr Infect Res DZIF, Germany; Res Ctr Borstel, Germany
-
visa fler...
-
- Andres, Soenke (författare)
- Natl and WHO Supranat Reference Ctr Mycobacteria, Germany
-
- Fowler, Philip W. (författare)
- Univ Oxford, England
-
- Chryssanthou, Erja (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Angeby, Kristian (författare)
- Karolinska Inst, Sweden
-
- Jureen, Pontus (författare)
- Publ Hlth Agcy Sweden, Sweden
-
- Moradigaravand, Danesh (författare)
- Univ Birmingham, England
-
- Parkhill, Julian (författare)
- Univ Cambridge, England
-
- Peacock, Sharon J. (författare)
- Univ Cambridge, England
-
- Schön, Thomas (författare)
- Linköpings universitet,Avdelningen för inflammation och infektion,Medicinska fakulteten,Kalmar Cty Hosp, Sweden
-
- Maurer, Florian P. (författare)
- Natl and WHO Supranat Reference Ctr Mycobacteria, Germany; Univ Med Ctr Hamburg Eppendorf, Germany
-
- Walker, Timothy (författare)
- Univ Oxford, England
-
- Koser, Claudio (författare)
- Univ Cambridge, England
-
- Niemann, Stefan (författare)
- German Ctr Infect Res DZIF, Germany; Res Ctr Borstel, Germany
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2020-03-06
- 2020
- Engelska.
-
Ingår i: Genome Medicine. - : BMC. - 1756-994X. ; 12:1
- Relaterad länk:
-
https://liu.diva-por... (primary) (Raw object)
-
visa fler...
-
https://genomemedici...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Background A comprehensive understanding of the pre-existing genetic variation in genes associated with antibiotic resistance in the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) is needed to accurately interpret whole-genome sequencing data for genotypic drug susceptibility testing (DST). Methods We investigated mutations in 92 genes implicated in resistance to 21 anti-tuberculosis drugs using the genomes of 405 phylogenetically diverse MTBC strains. The role of phylogenetically informative mutations was assessed by routine phenotypic DST data for the first-line drugs isoniazid, rifampicin, ethambutol, and pyrazinamide from a separate collection of over 7000 clinical strains. Selected mutations/strains were further investigated by minimum inhibitory concentration (MIC) testing. Results Out of 547 phylogenetically informative mutations identified, 138 were classified as not correlating with resistance to first-line drugs. MIC testing did not reveal a discernible impact of a Rv1979c deletion shared by M. africanum lineage 5 strains on resistance to clofazimine. Finally, we found molecular evidence that some MTBC subgroups may be hyper-susceptible to bedaquiline and clofazimine by different loss-of-function mutations affecting a drug efflux pump subunit (MmpL5). Conclusions Our findings underline that the genetic diversity in MTBC has to be studied more systematically to inform the design of clinical trials and to define sound epidemiologic cut-off values (ECOFFs) for new and repurposed anti-tuberculosis drugs. In that regard, our comprehensive variant catalogue provides a solid basis for the interpretation of mutations in genotypic as well as in phenotypic DST assays.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Evolutionsbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Evolutionary Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Mycobacterium tuberculosis; Drug resistance; Benign mutations; Intrinsic resistance
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Merker, Matthias
-
Kohl, Thomas A.
-
Barilar, Ivan
-
Andres, Soenke
-
Fowler, Philip W ...
-
Chryssanthou, Er ...
-
visa fler...
-
Angeby, Kristian
-
Jureen, Pontus
-
Moradigaravand, ...
-
Parkhill, Julian
-
Peacock, Sharon ...
-
Schön, Thomas
-
Maurer, Florian ...
-
Walker, Timothy
-
Koser, Claudio
-
Niemann, Stefan
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Evolutionsbiolog ...
- Artiklar i publikationen
-
Genome Medicine
- Av lärosätet
-
Linköpings universitet
-
Karolinska Institutet