Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:liu-200076" >
Impact of AlphaFold...
Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15-CAPRI experiment
-
- Lensink, Marc F. (författare)
- Univ Lille, France
-
- Brysbaert, Guillaume (författare)
- Univ Lille, France
-
- Raouraoua, Nessim (författare)
- Univ Lille, France
-
visa fler...
-
- Bates, Paul A. (författare)
- Francis Crick Inst, England
-
- Giulini, Marco (författare)
- Univ Utrecht, Netherlands
-
- Honorato, Rodrigo V. (författare)
- Univ Utrecht, Netherlands
-
- van Noort, Charlotte (författare)
- Univ Utrecht, Netherlands
-
- Teixeira, Joao M. C. (författare)
- Univ Utrecht, Netherlands
-
- Bonvin, Alexandre M. J. J. (författare)
- Univ Utrecht, Netherlands
-
- Kong, Ren (författare)
- Jiangsu Univ Technol, Peoples R China
-
- Shi, Hang (författare)
- Jiangsu Univ Technol, Peoples R China
-
- Lu, Xufeng (författare)
- Jiangsu Univ Technol, Peoples R China
-
- Chang, Shan (författare)
- Jiangsu Univ Technol, Peoples R China
-
- Liu, Jian (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Guo, Zhiye (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Chen, Xiao (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Morehead, Alex (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Roy, Raj S. (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Wu, Tianqi (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Giri, Nabin (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Quadir, Farhan (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Chen, Chen (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Cheng, Jianlin (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Del Carpio, Carlos A. (författare)
- Fukushimuta Hosp, Japan
-
- Ichiishi, Eichiro (författare)
- Int Univ Hlth & Welf IUHV Hosp, Japan
-
- Rodriguez-Lumbreras, Luis A. (författare)
- CSIC Univ Rioja Gobierno La Rioja, Spain; Barcelona Supercomp Ctr BSC, Spain
-
- Fernandez-Recio, Juan (författare)
- CSIC Univ Rioja Gobierno La Rioja, Spain; Barcelona Supercomp Ctr BSC, Spain
-
- Harmalkar, Ameya (författare)
- Johns Hopkins Univ, MD USA
-
- Chu, Lee-Shin (författare)
- Johns Hopkins Univ, MD USA
-
- Canner, Sam (författare)
- Johns Hopkins Univ, MD USA
-
- Smanta, Rituparna (författare)
- Johns Hopkins Univ, MD USA
-
- Gray, Jeffrey J. (författare)
- Johns Hopkins Univ, MD USA; Johns Hopkins Univ, MD USA
-
- Li, Hao (författare)
- Huazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China
-
- Lin, Peicong (författare)
- Huazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China
-
- He, Jiahua (författare)
- Huazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China
-
- Tao, Huanyu (författare)
- Huazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China
-
- Huang, Sheng-You (författare)
- Huazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China
-
- Roel-Touris, Jorge (författare)
- Mol Biol Inst Barcelona IBMB CSIC, Spain
-
- Jimenez-Garcia, Brian (författare)
- Zymvol Biomodeling, Spain
-
- Christoffer, Charles W. (författare)
- Purdue Univ, IN USA
-
- Jain, Anika J. (författare)
- Purdue Univ, IN USA
-
- Kagaya, Yuki (författare)
- Purdue Univ, IN USA
-
- Kannan, Harini (författare)
- Purdue Univ, IN USA; Indian Inst Technol Madras, India
-
- Nakamura, Tsukasa (författare)
- Purdue Univ, IN USA
-
- Terashi, Genki (författare)
- Purdue Univ, IN USA
-
- Verburgt, Jacob C. (författare)
- Purdue Univ, IN USA
-
- Zhang, Yuanyuan (författare)
- Purdue Univ, IN USA
-
- Zhang, Zicong (författare)
- Purdue Univ, IN USA
-
- Fujuta, Hayato (författare)
- Indian Inst Technol Madras, India
-
- Sekijima, Masakazu (författare)
- Tokyo Inst Technol, Japan
-
- Kihara, Daisuke (författare)
- Purdue Univ, IN USA
-
- Khan, Omeir (författare)
- Boston Univ, MA USA
-
- Kotelnikov, Sergei (författare)
- SUNY Stony Brook, NY USA
-
- Ghani, Usman (författare)
- Boston Univ, MA USA
-
- Padhorny, Dzmitry (författare)
- SUNY Stony Brook, NY USA
-
- Beglov, Dmitri (författare)
- Boston Univ, MA USA
-
- Vajda, Sandor (författare)
- Boston Univ, MA USA
-
- Kozakov, Dima (författare)
- SUNY Stony Brook, NY USA
-
- Negi, Surendra S. (författare)
- Univ Texas Med Branch, TX USA
-
- Ricciardelli, Tiziana (författare)
- King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia
-
- Barradas-Bautista, Didier (författare)
- King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia
-
- Cao, Zhen (författare)
- King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia
-
- Chawla, Mohit (författare)
- King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia
-
- Cavallo, Luigi (författare)
- King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia; Univ Salerno, Italy
-
- Oliva, Romina (författare)
- Univ Naples Parthenope, Italy
-
- Yin, Rui (författare)
- Univ Maryland, MD USA
-
- Cheung, Melyssa (författare)
- Univ Maryland, MD USA; Univ Maryland, MD USA
-
- Guest, Johnathan D. (författare)
- Univ Maryland, MD USA; Univ Maryland, MD USA
-
- Lee, Jessica (författare)
- Univ Maryland, MD USA; Univ Maryland, MD USA
-
- Pierce, Brian G. (författare)
- Univ Maryland, MD USA
-
- Shor, Ben (författare)
- Hebrew Univ Jerusalem, Israel
-
- Cohen, Tomer (författare)
- Hebrew Univ Jerusalem, Israel
-
- Halfon, Matan (författare)
- Hebrew Univ Jerusalem, Israel
-
- Schneidman-Duhovny, Dina (författare)
- Hebrew Univ Jerusalem, Israel
-
- Zhu, Shaowen (författare)
- Hebrew Univ Jerusalem, Israel; Texas M Univ, TX USA
-
- Yin, Rujie (författare)
- Texas M Univ, TX USA
-
- Sun, Yuanfei (författare)
- Texas M Univ, TX USA
-
- Shen, Yang (författare)
- Texas M Univ, TX USA; Texas A&M Univ, TX USA; Texas A&M Univ, TX USA; Texas A&M Univ, TX USA
-
- Maszota-Zieleniak, Martyna (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Bojarski, Krzysztof K. (författare)
- Univ Gdansk, Poland; Techn Univ Gdansk, Poland
-
- Lubecka, Emilia A. (författare)
- Techn Univ Gdansk, Poland
-
- Marcisz, Mateusz (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Danielsson, Annemarie (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Dziadek, Lukasz (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Gaardlos, Margrethe (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Gieldon, Artur (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Liwo, Adam (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Samsonov, Sergey A. (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Slusarz, Rafal (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Zieba, Karolina (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Sieradzan, Adam K. (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Czaplewski, Cezary (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Kobayashi, Shinpei (författare)
- Kitasato Univ, Japan
-
- Miyakawa, Yuta (författare)
- Kitasato Univ, Japan
-
- Kiyota, Yasuomi (författare)
- Kitasato Univ, Japan
-
- Takeda-Shitaka, Mayuko (författare)
- Kitasato Univ, Japan
-
- Olechnovic, Kliment (författare)
- Vilnius Univ, Lithuania
-
- Valancauskas, Lukas (författare)
- Vilnius Univ, Lithuania
-
- Dapkunas, Justas (författare)
- Vilnius Univ, Lithuania
-
- Venclovas, Ceslovas (författare)
- Vilnius Univ, Lithuania
-
- Wallner, Björn, 1975- (författare)
- Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten
-
- Yang, Lin (författare)
- Harbin Inst Technol, Peoples R China; Univ Sydney, Australia
-
- Hou, Chengyu (författare)
- Harbin Inst Technol, Peoples R China
-
- He, Xiaodong (författare)
- Harbin Inst Technol, Peoples R China; Shenzhen STRONG Adv Mat Res Inst Col Ltd, Peoples R China
-
- Guo, Shuai (författare)
- Harbin Inst Technol, Peoples R China
-
- Jiang, Shenda (författare)
- Harbin Inst Technol, Peoples R China
-
- Ma, Xiaoliang (författare)
- Harbin Inst Technol, Peoples R China
-
- Duan, Rui (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Qui, Liming (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Xu, Xianjin (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Zou, Xiaoqin (författare)
- Univ Missouri, MO USA; Univ Missouri, MO USA; Univ Missouri, MO USA; Univ Missouri, MO USA
-
- Velankar, Sameer (författare)
- European Bioinformat Inst EMBL EBI, England
-
- Wodak, Shoshana J. (författare)
- VUB Ctr Struct Biol VIB, Belgium
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2023
- 2023
- Engelska.
-
Ingår i: Proteins. - : WILEY. - 0887-3585 .- 1097-0134.
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- We present the results for CAPRI Round 54, the 5th joint CASP-CAPRI protein assembly prediction challenge. The Round offered 37 targets, including 14 homodimers, 3 homo-trimers, 13 heterodimers including 3 antibody-antigen complexes, and 7 large assemblies. On average similar to 70 CASP and CAPRI predictor groups, including more than 20 automatics servers, submitted models for each target. A total of 21 941 models submitted by these groups and by 15 CAPRI scorer groups were evaluated using the CAPRI model quality measures and the DockQ score consolidating these measures. The prediction performance was quantified by a weighted score based on the number of models of acceptable quality or higher submitted by each group among their five best models. Results show substantial progress achieved across a significant fraction of the 60+ participating groups. High-quality models were produced for about 40% of the targets compared to 8% two years earlier. This remarkable improvement is due to the wide use of the AlphaFold2 and AlphaFold2-Multimer software and the confidence metrics they provide. Notably, expanded sampling of candidate solutions by manipulating these deep learning inference engines, enriching multiple sequence alignments, or integration of advanced modeling tools, enabled top performing groups to exceed the performance of a standard AlphaFold2-Multimer version used as a yard stick. This notwithstanding, performance remained poor for complexes with antibodies and nanobodies, where evolutionary relationships between the binding partners are lacking, and for complexes featuring conformational flexibility, clearly indicating that the prediction of protein complexes remains a challenging problem.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
Nyckelord
- AlphaFold; blind prediction; CAPRI; CASP; deep learning; protein assemblies; protein complexes; protein-protein interaction
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
Proteins
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lensink, Marc F.
-
Brysbaert, Guill ...
-
Raouraoua, Nessi ...
-
Bates, Paul A.
-
Giulini, Marco
-
Honorato, Rodrig ...
-
visa fler...
-
van Noort, Charl ...
-
Teixeira, Joao M ...
-
Bonvin, Alexandr ...
-
Kong, Ren
-
Shi, Hang
-
Lu, Xufeng
-
Chang, Shan
-
Liu, Jian
-
Guo, Zhiye
-
Chen, Xiao
-
Morehead, Alex
-
Roy, Raj S.
-
Wu, Tianqi
-
Giri, Nabin
-
Quadir, Farhan
-
Chen, Chen
-
Cheng, Jianlin
-
Del Carpio, Carl ...
-
Ichiishi, Eichir ...
-
Rodriguez-Lumbre ...
-
Fernandez-Recio, ...
-
Harmalkar, Ameya
-
Chu, Lee-Shin
-
Canner, Sam
-
Smanta, Rituparn ...
-
Gray, Jeffrey J.
-
Li, Hao
-
Lin, Peicong
-
He, Jiahua
-
Tao, Huanyu
-
Huang, Sheng-You
-
Roel-Touris, Jor ...
-
Jimenez-Garcia, ...
-
Christoffer, Cha ...
-
Jain, Anika J.
-
Kagaya, Yuki
-
Kannan, Harini
-
Nakamura, Tsukas ...
-
Terashi, Genki
-
Verburgt, Jacob ...
-
Zhang, Yuanyuan
-
Zhang, Zicong
-
Fujuta, Hayato
-
Sekijima, Masaka ...
-
Kihara, Daisuke
-
Khan, Omeir
-
Kotelnikov, Serg ...
-
Ghani, Usman
-
Padhorny, Dzmitr ...
-
Beglov, Dmitri
-
Vajda, Sandor
-
Kozakov, Dima
-
Negi, Surendra S ...
-
Ricciardelli, Ti ...
-
Barradas-Bautist ...
-
Cao, Zhen
-
Chawla, Mohit
-
Cavallo, Luigi
-
Oliva, Romina
-
Yin, Rui
-
Cheung, Melyssa
-
Guest, Johnathan ...
-
Lee, Jessica
-
Pierce, Brian G.
-
Shor, Ben
-
Cohen, Tomer
-
Halfon, Matan
-
Schneidman-Duhov ...
-
Zhu, Shaowen
-
Yin, Rujie
-
Sun, Yuanfei
-
Shen, Yang
-
Maszota-Zielenia ...
-
Bojarski, Krzysz ...
-
Lubecka, Emilia ...
-
Marcisz, Mateusz
-
Danielsson, Anne ...
-
Dziadek, Lukasz
-
Gaardlos, Margre ...
-
Gieldon, Artur
-
Liwo, Adam
-
Samsonov, Sergey ...
-
Slusarz, Rafal
-
Zieba, Karolina
-
Sieradzan, Adam ...
-
Czaplewski, Ceza ...
-
Kobayashi, Shinp ...
-
Miyakawa, Yuta
-
Kiyota, Yasuomi
-
Takeda-Shitaka, ...
-
Olechnovic, Klim ...
-
Valancauskas, Lu ...
-
Dapkunas, Justas
-
Venclovas, Ceslo ...
-
Wallner, Björn, ...
-
Yang, Lin
-
Hou, Chengyu
-
He, Xiaodong
-
Guo, Shuai
-
Jiang, Shenda
-
Ma, Xiaoliang
-
Duan, Rui
-
Qui, Liming
-
Xu, Xianjin
-
Zou, Xiaoqin
-
Velankar, Sameer
-
Wodak, Shoshana ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
-
Proteins
- Av lärosätet
-
Linköpings universitet