NEMOte BARCODing : Förbättrad miljöövervakning av Östersjöns bentiska ekosystem

• Förändringar av ekosystem och hot mot biologisk mångfald, samt de på denna mångfald vilande ekosystemtjänsterna, har skapat ett behov av mer robusta och kostnadseffektiva miljöövervakningsmetoder. Projektet NEMOte BARCODing har undersökt om de frilevande nematoderna kan hjälpa oss att fylla detta behov. Metastreckkodning (metabarcoding på engelska), en av de moderna DNA-metoderna, har möjliggjort att meiofauna-organismer som nematoder effektiv kan provtas. Nematoderna är en av de mest mångfaldshaltiga organismgrupperna i världen, och de har visat sig vara bra indikatorer på ekosystems hälsa och förändringar i miljön. I Östersjön, där traditionellt enbart större organismer, makrofauna, har använts, kan nematoderna tillföra värdefull information. Då antal makrofauna-arter i Östersjön är lågt har bedömningar av ekosystemhälsa baserat på makrofauna mindre upp­lösning än bedömningar baserat på de mer mångfaldiga och abundanta nematod-samhället. Det finns dock hinder för DNA-streckkodning ska för att övervaka nematoder i Östersjön: 1. Bristande täckning av nematod-arter i nuvarande referensdatabaser. 2. Bristande kunskap om streckkodningsmetoders förmåga att kvantifiera nematod-samhället och återspegla samhällskompositionen i miljöerna som provtas. Och 3. Bristen på verktyg för att bedöma ekosystemhälsa och ekologiska status från data över nematod-samhället. NEMOte BARCODing har bidragit till att överkomma dessa brister och därigenom till att möjliggöra miljöövervakning av Östersjöns nematoder. I Arbetspaktet 1 förbättrade NEMOte BARCODing existerande referensdatabaser genom att ladda upp referenssekvenser av 18S och 28S rRNA-markörgenerna för 110 av Östersjöns nematod-arter. I Arbetspaket 2 utvärderades sekvenseringsmetoders lämplighet för miljöövervakning. 18S-streckkodning med TAReuk primerparen fungerade bäst av de testade metoderna, gav en god bild av nematod-samhället, och rekommenderas därav för nematod-övervakning i Östersjön. I Arbetspaket 3 har NEMOte BARCODing utvecklat ett verktyg för statusklassning med nematod-data, Nematod-BQI (BQInem), med utgångspunkt i det BQI som används inom svensk miljöövervakning. Andra potentiella verktyg för nematod-övervakning utforskades även och en karta ritades för Nematod-BQI:s framtida utvecklingen, med potentiell inkludering av fler meiofauna-grupper som ett alternativ. Slutligen så förslogs ett pilotprogram för streckkodningsbaserad nematod-övervakning, med rekommenderade metoder, provtagningsupplägg och status klassningsverktyg (BQInem). De frilevande nematoderna kan säga oss mycket om ekosystemens hälsa och arbetet inom NEMOte BARCODing har förhoppningsvis bidragit till att denna information förmedlas.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Geovetenskap och miljövetenskap -- Miljövetenskap (hsv//swe)

NATURAL SCIENCES  -- Earth and Related Environmental Sciences -- Environmental Sciences (hsv//eng)

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Ekologi (hsv//swe)

NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Ecology (hsv//eng)

Nyckelord

Land and water use

Mark- och vattenanvändning

Ecosystems and species history

Publikations- och innehållstyp

vet (ämneskategori)

rap (ämneskategori)