Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:su-130148" >
Next-generation bis...
Next-generation bis-locked nucleic acids with stacking linker and 2 '-glycylamino-LNA show enhanced DNA invasion into supercoiled duplexes
-
Geny, Sylvain (författare)
-
Moreno, Pedro M. D. (författare)
-
- Krzywkowski, Tomasz (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
visa fler...
-
- Gissberg, Olof (författare)
- Karolinska Institutet
-
Andersen, Nicolai K. (författare)
-
Isse, Abdirisaq J. (författare)
-
El-Madani, Amro M. (författare)
-
Lou, Chenguang (författare)
-
- Pabon, Y. Vladimir (författare)
- Karolinska Institutet
-
Anderson, Brooke A. (författare)
-
- Zaghloul, Eman M. (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Zain, Rula (författare)
- Karolinska Institutet
-
Hrdlicka, Patrick J. (författare)
-
Jørgensen, Per T. (författare)
-
- Nilsson, Mats (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
- Lundin, Karin E. (författare)
- Karolinska Institutet
-
Pedersen, Erik B. (författare)
-
Wengel, Jesper (författare)
-
- Smith, C. I. Edvard (författare)
- Karolinska Institutet
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2016-02-08
- 2016
- Engelska.
-
Ingår i: Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press (OUP). - 0305-1048 .- 1362-4962. ; 44:5, s. 2007-2019
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://academic.oup...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Targeting and invading double-stranded DNA with synthetic oligonucleotides under physiological conditions remain a challenge. Bis-locked nucleic acids (bisLNAs) are clamp-forming oligonucleotides able to invade into supercoiled DNA via combined Hoogsteen and Watson-Crick binding. To improve the bisLNA design, we investigated its mechanism of binding. Our results suggest that bisLNAs bind via Hoogsteen-arm first, followed by Watson-Crick arm invasion, initiated at the tail. Based on this proposed hybridization mechanism, we designed next-generation bisLNAs with a novel linker able to stack to adjacent nucleobases, a new strategy previously not applied for any type of clamp-constructs. Although the Hoogsteen-arm limits the invasion, upon incorporation of the stacking linker, bisLNA invasion is significantly more efficient than for non-clamp, or nucleotide-linker containing LNA-constructs. Further improvements were obtained by substituting LNA with 2'-glycylamino-LNA, contributing a positive charge. For regular bisLNAs a 14-nt tail significantly enhances invasion. However, when two stacking linkers were incorporated, tail-less bisLNAs were able to efficiently invade. Finally, successful targeting of plasmids inside bacteria clearly demonstrates that strand invasion can take place in a biologically relevant context.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Geny, Sylvain
-
Moreno, Pedro M. ...
-
Krzywkowski, Tom ...
-
Gissberg, Olof
-
Andersen, Nicola ...
-
Isse, Abdirisaq ...
-
visa fler...
-
El-Madani, Amro ...
-
Lou, Chenguang
-
Pabon, Y. Vladim ...
-
Anderson, Brooke ...
-
Zaghloul, Eman M ...
-
Zain, Rula
-
Hrdlicka, Patric ...
-
Jørgensen, Per T ...
-
Nilsson, Mats
-
Lundin, Karin E.
-
Pedersen, Erik B ...
-
Wengel, Jesper
-
Smith, C. I. Edv ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
- Artiklar i publikationen
-
Nucleic Acids Re ...
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet
-
Karolinska Institutet