Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:su-131992" >
Inclusion of dyad-r...
Inclusion of dyad-repeat pattern improves topology prediction of transmembrane beta-barrel proteins
-
Hayat, Sikander (författare)
-
- Peters, Christoph (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
- Shu, Nanjiang (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
visa fler...
-
- Tsirigos, Konstantinos D. (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
- Elofsson, Arne (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2016-01-21
- 2016
- Engelska.
-
Ingår i: Bioinformatics. - : Oxford University Press (OUP). - 1367-4803 .- 1367-4811. ; 32:10, s. 1571-1573
- Relaterad länk:
-
https://academic.oup...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Accurate topology prediction of transmembrane beta-barrels is still an open question. Here, we present BOCTOPUS2, an improved topology prediction method for transmembrane beta-barrels that can also identify the barrel domain, predict the topology and identify the orientation of residues in transmembrane beta-strands. The major novelty of BOCTOPUS2 is the use of the dyad-repeat pattern of lipid and pore facing residues observed in transmembrane beta-barrels. In a cross-validation test on a benchmark set of 42 proteins, BOCTOPUS2 predicts the correct topology in 69% of the proteins, an improvement of more than 10% over the best earlier method (BOCTOPUS) and in addition, it produces significantly fewer erroneous predictions on non-transmembrane beta-barrel proteins.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
Nyckelord
- Biochemistry towards Bioinformatics
- biokemi med inriktning mot bioinformatik
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas