Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:su-212292" >
Spatial genomics ma...
Spatial genomics maps the structure, nature and evolution of cancer clones
-
Lomakin, Artem (författare)
-
- Svedlund, Jessica (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
- Strell, Carina (författare)
- Uppsala universitet,Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Uppsala University, Sweden,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, Department of Biochemistry and Biophysics, Stockholm University, Solna, Sweden
-
visa fler...
-
Gataric, Milana (författare)
-
Shmatko, Artem (författare)
-
Rukhovich, Gleb (författare)
-
Park, Jun Sung (författare)
-
Ju, Young Seok (författare)
-
Dentro, Stefan (författare)
-
Kleshchevnikov, Vitalii (författare)
-
Vaskivskyi, Vasyl (författare)
-
Li, Tong (författare)
-
Bayraktar, Omer Ali (författare)
-
Pinder, Sarah (författare)
-
Richardson, Andrea L. (författare)
-
Santagata, Sandro (författare)
-
Campbell, Peter J. (författare)
-
Russnes, Hege (författare)
-
Gerstung, Moritz (författare)
-
- Nilsson, Mats (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
Yates, Lucy R. (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2022-11-09
- 2022
- Engelska.
-
Ingår i: Nature. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 611:7936, s. 594-602
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Genome sequencing of cancers often reveals mosaics of different subclones present in the same tumour. Although these are believed to arise according to the principles of somatic evolution, the exact spatial growth patterns and underlying mechanisms remain elusive. Here, to address this need, we developed a workflow that generates detailed quantitative maps of genetic subclone composition across whole-tumour sections. These provide the basis for studying clonal growth patterns, and the histological characteristics, microanatomy and microenvironmental composition of each clone. The approach rests on whole-genome sequencing, followed by highly multiplexed base-specific in situ sequencing, single-cell resolved transcriptomics and dedicated algorithms to link these layers. Applying the base-specific in situ sequencing workflow to eight tissue sections from two multifocal primary breast cancers revealed intricate subclonal growth patterns that were validated by microdissection. In a case of ductal carcinoma in situ, polyclonal neoplastic expansions occurred at the macroscopic scale but segregated within microanatomical structures. Across the stages of ductal carcinoma in situ, invasive cancer and lymph node metastasis, subclone territories are shown to exhibit distinct transcriptional and histological features and cellular microenvironments. These results provide examples of the benefits afforded by spatial genomics for deciphering the mechanisms underlying cancer evolution and microenvironmental ecology.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
Nature
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lomakin, Artem
-
Svedlund, Jessic ...
-
Strell, Carina
-
Gataric, Milana
-
Shmatko, Artem
-
Rukhovich, Gleb
-
visa fler...
-
Park, Jun Sung
-
Ju, Young Seok
-
Dentro, Stefan
-
Kleshchevnikov, ...
-
Vaskivskyi, Vasy ...
-
Li, Tong
-
Bayraktar, Omer ...
-
Pinder, Sarah
-
Richardson, Andr ...
-
Santagata, Sandr ...
-
Campbell, Peter ...
-
Russnes, Hege
-
Gerstung, Moritz
-
Nilsson, Mats
-
Yates, Lucy R.
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet
-
Uppsala universitet