SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:su-225081"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:su-225081" > Whole-genome resequ...

Whole-genome resequencing facilitates the development of a 50K single nucleotide polymorphism genotyping array for Scots pine (Pinus sylvestris L.) and its transferability to other pine species

Barcala, Maximiliano Estravis (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
van der Valk, Tom (författare)
Department of Cell and Molecular Biology, National Bioinformatics Infrastructure Sweden, Science for Life Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden
Chen, Zhiqiang (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
visa fler...
Funda, Tomas (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
Chaudhary, Rajiv (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig mykologi och växtpatologi,Department of Forest Mycology and Plant Pathology
Klingberg, Adam (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology,Forestry Research Institute of Sweden, Skogforsk
Fundova, Irena (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
Suontama, Mari (författare)
Skogforsk, Sävar, Uppsala, Sweden
Hallingbäck, Henrik (författare)
Skogforsk, Sävar, Uppsala, Sweden
Bernhardsson, Carolina (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtbiologi,Department of Plant Biology,Uppsala University
Nystedt, Björn (författare)
Department of Cell and Molecular Biology, National Bioinformatics Infrastructure Sweden, Science for Life Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden
Ingvarsson, Pär K. (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtbiologi,Department of Plant Biology
Sherwood, Ellen (författare)
Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Department of Biochemistry and Biophysics, Science for Life Laboratory, Stockholm University, Stockholm, Sweden; Department of Gene Technology, Science for Life Laboratory, KTH Royal Institute of Technology, Stockholm, Sweden
Street, Nathaniel, 1979- (författare)
Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)
Gyllensten, Ulf (författare)
Department of Immunology, Genetics, and Pathology, Biomedical Center, Science for Life Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden
Nilsson, Ove (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
Wu, Harry (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
visa färre...
 (creator_code:org_t)
 
2024
2024
Engelska.
Ingår i: The Plant Journal. - 0960-7412 .- 1365-313X. ; 117:3, s. 944-955
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://umu.diva-por... (primary) (Raw object)
https://pub.epsilon.... (primary) (Raw object) (free)
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
https://urn.kb.se/re...
https://res.slu.se/i...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Scots pine (Pinus sylvestris L.) is one of the most widespread and economically important conifer species in the world. Applications like genomic selection and association studies, which could help accelerate breeding cycles, are challenging in Scots pine because of its large and repetitive genome. For this reason, genotyping tools for conifer species, and in particular for Scots pine, are commonly based on transcribed regions of the genome. In this article, we present the Axiom Psyl50K array, the first single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping array for Scots pine based on whole-genome resequencing, that represents both genic and intergenic regions. This array was designed following a two-step procedure: first, 192 trees were sequenced, and a 430K SNP screening array was constructed. Then, 480 samples, including haploid megagametophytes, full-sib family trios, breeding population, and range-wide individuals from across Eurasia were genotyped with the screening array. The best 50K SNPs were selected based on quality, replicability, distribution across the draft genome assembly, balance between genic and intergenic regions, and genotype–environment and genotype–phenotype associations. Of the final 49 877 probes tiled in the array, 20 372 (40.84%) occur inside gene models, while the rest lie in intergenic regions. We also show that the Psyl50K array can yield enough high-confidence SNPs for genetic studies in pine species from North America and Eurasia. This new genotyping tool will be a valuable resource for high-throughput fundamental and applied research of Scots pine and other pine species.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
LANTBRUKSVETENSKAPER  -- Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiske -- Skogsvetenskap (hsv//swe)
AGRICULTURAL SCIENCES  -- Agriculture, Forestry and Fisheries -- Forest Science (hsv//eng)

Nyckelord

genome resequencing
SNP array
Pinus sylvestris
pines
genomic selection
genome-wide association studies

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy