Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:su-225411" >
A chromosome-level ...
A chromosome-level assembly of the seed beetle Callosobruchus maculatus genome with annotation of its repetitive elements
-
Arnqvist, Göran (författare)
-
- Westerberg, Ivar, 1996- (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för ekologi, miljö och botanik,Uppsala University, Sweden
-
Galbraith, James (författare)
-
visa fler...
-
Sayadi, Ahmed (författare)
-
Scofield, Douglas G. (författare)
-
- Olsen, Remi-André, 1985- (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
Immonen, Elina (författare)
-
- Bonath, Franziska, 1985- (författare)
- Stockholms universitet,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut
-
Ewels, Philip (författare)
-
Suh, Alexander (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2024
- 2024
- Engelska.
-
Ingår i: G3. - 2160-1836. ; 14:2
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Callosobruchus maculatus is a major agricultural pest of legume crops worldwide and an established model system in ecology and evolution. Yet, current molecular biological resources for this species are limited. Here, we employ Hi-C sequencing to generate a greatly improved genome assembly and we annotate its repetitive elements in a dedicated in-depth effort where we manually curate and classify the most abundant unclassified repeat subfamilies. We present a scaffolded chromosome-level assembly, which is 1.01 Gb in total length with 86% being contained within the 9 autosomes and the X chromosome. Repetitive sequences accounted for 70% of the total assembly. DNA transposons covered 18% of the genome, with the most abundant superfamily being Tc1-Mariner (9.75% of the genome). This new chromosome-level genome assembly of C. maculatus will enable future genetic and evolutionary studies not only of this important species but of beetles more generally.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
Nyckelord
- Chrysomelidae
- chromosome conformation capture
- X chromosome assembly
- transposable elements
- Tc1-Mariner
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
G3
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Arnqvist, Göran
-
Westerberg, Ivar ...
-
Galbraith, James
-
Sayadi, Ahmed
-
Scofield, Dougla ...
-
Olsen, Remi-Andr ...
-
visa fler...
-
Immonen, Elina
-
Bonath, Franzisk ...
-
Ewels, Philip
-
Suh, Alexander
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
- Artiklar i publikationen
-
G3
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet