Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:umu-154950" >
Functional and evol...
Functional and evolutionary genomic inferences in Populus through genome and population sequencing of American and European aspen
-
Lin, Yao-Cheng (författare)
-
- Wang, Jing (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Centre for Integrative Genetics (CIGENE), Department of Animal and Aquacultural Sciences, Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, Ås, Norway
-
Delhomme, Nicolas (författare)
-
visa fler...
-
- Schiffthaler, Bastian (författare)
- Umeå universitet,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Institutionen för fysiologisk botanik
-
- Sundström, Görel (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
-
Zuccolo, Andrea (författare)
-
- Nystedt, Björn (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Hvidsten, Torgeir R., 1975- (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)
-
- de la Torre, Amanda, 1976- (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap,Umeå Plant Science Centre (UPSC),School of Forestry, Northern Arizona University, Flagstaff, AZ
-
Cossu, Rosa M. (författare)
-
- Höppner, Marc P. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
- Lantz, Henrik (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Scofield, Douglas G., 1966- (författare)
- Uppsala universitet,Umeå universitet,Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Department of Ecology and Genetics: Evolutionary Biology, Uppsala University, Sweden; Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science, Uppsala University, Sweden,Evolutionsbiologi
-
- Zamani, Neda (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
- Johansson, Anna C. V. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Mannapperuma, Chanaka (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)
-
- Robinson, Kathryn M., 1975- (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)
-
- Mähler, Niklas (författare)
- Umeå universitet,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Institutionen för fysiologisk botanik
-
Leitch, Ilia J. (författare)
-
Pellicer, Jaume (författare)
-
Park, Eung-Jun (författare)
-
Van Montagu, Marc (författare)
-
Van de Peer, Yves (författare)
-
- Grabherr, Manfred (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
- Jansson, Stefan, 1959- (författare)
- Umeå universitet,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Institutionen för fysiologisk botanik
-
- Ingvarsson, Pär K. (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Umeå universitet,Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Department of Plant Biology, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden,Institutionen för växtbiologi,Umeå University
-
- Street, Nathaniel R., 1979- (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
-
- 2018-10-29
- 2018
- Engelska.
-
Ingår i: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - : NATL ACAD SCIENCES. - 0027-8424 .- 1091-6490. ; 115:46, s. E10970-E10978
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://umu.diva-por... (primary) (Raw object)
-
https://www.pnas.org...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://res.slu.se/i...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The Populus genus is one of the major plant model systems, but genomic resources have thus far primarily been available for poplar species, and primarily Populus trichocarpa (Torr. & Gray), which was the first tree with a whole-genome assembly. To further advance evolutionary and functional genomic analyses in Populus, we produced genome assemblies and population genetics resources of two aspen species, Populus tremula L. and Populus tremuloides Michx. The two aspen species have distributions spanning the Northern Hemisphere, where they are keystone species supporting a wide variety of dependent communities and produce a diverse array of secondary metabolites. Our analyses show that the two aspens share a similar genome structure and a highly conserved gene content with P. trichocarpa but display substantially higher levels of heterozygosity. Based on population resequencing data, we observed widespread positive and negative selection acting on both coding and noncoding regions. Furthermore, patterns of genetic diversity and molecular evolution in aspen are influenced by a number of features, such as expression level, coexpression network connectivity, and regulatory variation. To maximize the community utility of these resources, we have integrated all presented data within the PopGenIE web resource (PopGenIE.org).
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- genome assembly
- natural selection
- coexpression
- population genetics
- Populus
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lin, Yao-Cheng
-
Wang, Jing
-
Delhomme, Nicola ...
-
Schiffthaler, Ba ...
-
Sundström, Görel
-
Zuccolo, Andrea
-
visa fler...
-
Nystedt, Björn
-
Hvidsten, Torgei ...
-
de la Torre, Ama ...
-
Cossu, Rosa M.
-
Höppner, Marc P.
-
Lantz, Henrik
-
Scofield, Dougla ...
-
Zamani, Neda
-
Johansson, Anna ...
-
Mannapperuma, Ch ...
-
Robinson, Kathry ...
-
Mähler, Niklas
-
Leitch, Ilia J.
-
Pellicer, Jaume
-
Park, Eung-Jun
-
Van Montagu, Mar ...
-
Van de Peer, Yve ...
-
Grabherr, Manfre ...
-
Jansson, Stefan, ...
-
Ingvarsson, Pär ...
-
Street, Nathanie ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Proceedings of t ...
- Av lärosätet
-
Umeå universitet
-
Uppsala universitet
-
Sveriges Lantbruksuniversitet