SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:umu-17156"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:umu-17156" > Data integration in...

Data integration in plant biology the O2PLS method for combined modeling of transcript and metabolite data

Bylesjö, Max (författare)
Umeå universitet,Kemiska institutionen
Eriksson, Daniel (författare)
Kusano, Miyako (författare)
visa fler...
Moritz, Thomas (författare)
Trygg, Johan (författare)
Umeå universitet,Kemiska institutionen,Computational Life Science Cluster (CLiC)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2007
2007
Engelska.
Ingår i: The Plant Journal. - 0960-7412 .- 1365-313X. ; 52:6, s. 1181-1191
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The technological advances in the instrumentation employed in life sciences have enabled the collection of a virtually unlimited quantity of data from multiple sources. By gathering data from several analytical platforms, with the aim of parallel monitoring of, e.g. transcriptomic, metabolomic or proteomic events, one hopes to answer and understand biological questions and observations. This 'systems biology' approach typically involves advanced statistics to facilitate the interpretation of the data. In the present study, we demonstrate that the O2PLS multivariate regression method can be used for combining 'omics' types of data. With this methodology, systematic variation that overlaps across analytical platforms can be separated from platform-specific systematic variation. A study of Populus tremula x Populus tremuloides, investigating short-day-induced effects at transcript and metabolite levels, is employed to demonstrate the benefits of the methodology. We show how the models can be validated and interpreted to identify biologically relevant events, and discuss the results in relation to a pairwise univariate correlation approach and principal component analysis.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)

Nyckelord

combined profiling
O2PLS
chemometrics
Populus
multivariate regression

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Bylesjö, Max
Eriksson, Daniel
Kusano, Miyako
Moritz, Thomas
Trygg, Johan
Om ämnet
NATURVETENSKAP
NATURVETENSKAP
och Biologi
Artiklar i publikationen
The Plant Journa ...
Av lärosätet
Umeå universitet

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy