Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-107094" >
Identification of d...
Identification of dominant signaling pathways from proteomics expression data
-
- Zubarev, Roman A. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
-
- Nielsen, Michael L. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
-
- Fung, Eva M. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
-
visa fler...
-
- Savitski, Mikhail M. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
-
Kel-Margoulis, Olga (författare)
-
Wingender, Edgar (författare)
-
Kel, Alexander (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Elsevier BV, 2008
- 2008
- Engelska.
-
Ingår i: Journal of Proteomics. - : Elsevier BV. - 1874-3919. ; 71:1, s. 89-96
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The availability of the results of high-throughput analyses coming from 'omic' technologies has been one of the major driving forces of pathway biology. Analytical pathway biology strives to design a 'pathway search engine', where the input is the 'omic' data and the output is the list of activated or dominant pathways in a given sample. Here we describe the first attempt to design and validate such a pathway search engine using as input expression proteomics data. The engine represents a specific workflow in computational tools developed originally for mRNA analysis (BMC Bioinformatics 2006, 7 (Suppl 2), S13). Using our own datasets as well as data from recent proteomics literature we demonstrate that different dominant pathways (EGF, TGF(beta), stress, and Fas pathways) can be correctly identified even from limited datasets. Pathway search engines can find application in a variety of proteomics-related fields, from fundamental molecular biology to search for novel types of disease biomarkers.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Proteins
- Genes
- Protein identification
- Tandem mass spectrometry
- Pathway analysis
- Cell and molecular biology
- Cell- och molekylärbiologi
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas