Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-225087" >
Direct measurement ...
Direct measurement of transcription factor dissociation excludes a simple operator occupancy model for gene regulation
-
- Hammar, Petter (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Walldén, Mats (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Fange, David (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa fler...
-
- Persson, Fredrik (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Baltekin, Özden (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Ullman, Gustaf (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Leroy, Prune (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Elf, Johan (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2014-02-23
- 2014
- Engelska.
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1061-4036 .- 1546-1718. ; 46:4, s. 405-
- Relaterad länk:
-
https://europepmc.or...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Transcription factors mediate gene regulation by site-specific binding to chromosomal operators. It is commonly assumed that the level of repression is determined solely by the equilibrium binding of a repressor to its operator. However, this assumption has not been possible to test in living cells. Here we have developed a single-molecule chase assay to measure how long an individual transcription factor molecule remains bound at a specific chromosomal operator site. We find that the lac repressor dimer stays bound on average 5 min at the native lac operator in Escherichia coli and that a stronger operator results in a slower dissociation rate but a similar association rate. Our findings do not support the simple equilibrium model. The discrepancy with this model can, for example, be accounted for by considering that transcription initiation drives the system out of equilibrium. Such effects need to be considered when predicting gene activity from transcription factor binding strengths.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Cellbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Cell Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas