Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-228495" >
Temporal profiling ...
Temporal profiling of cytokine-induced genes in pancreatic beta-cells by meta-analysis and network inference
-
Lopes, Miguel (författare)
-
Kutlu, Burak (författare)
-
Miani, Michela (författare)
-
visa fler...
-
Bang-Berthelsen, Claus H. (författare)
-
Storling, Joachim (författare)
-
Pociot, Flemming (författare)
-
Goodman, Nathan (författare)
-
Hood, Lee (författare)
-
- Welsh, Nils (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk cellbiologi
-
Bontempi, Gianluca (författare)
-
Eizirik, Decio L. (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Elsevier BV, 2014
- 2014
- Engelska.
-
Ingår i: Genomics. - : Elsevier BV. - 0888-7543 .- 1089-8646. ; 103:4, s. 264-275
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Type I Diabetes (T1D) is an autoimmune disease where local release of cytokines such as IL-1 beta and IFN-gamma contributes to beta-cell apoptosis. To identify relevant genes regulating this process we performed a meta-analysis of 8 datasets of beta-cell gene expression after exposure to IL-1 beta and IFN-gamma. Two of these datasets are novel and contain time-series expressions in human islet cells and rat INS-1E cells. Genes were ranked according to their differential expression within and after 24 h from exposure, and characterized by function and prior knowledge in the literature. A regulatory network was then inferred from the human time expression datasets, using a time-series extension of a network inference method. The two most differentially expressed genes previously unknown in T1D literature (RIPK2 and ELF3) were found to modulate cytokine-induced apoptosis. The inferred regulatory network is thus supported by the experimental validation, providing a proof-of-concept for the proposed statistical inference approach.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinsk bioteknologi -- Medicinsk bioteknologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Medical Biotechnology -- Medical Biotechnology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
Nyckelord
- Diabetes
- Pancreatic beta cells
- Cytokines
- Gene expression
- Meta-analysis
- Time series
- Network inference
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
Genomics
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lopes, Miguel
-
Kutlu, Burak
-
Miani, Michela
-
Bang-Berthelsen, ...
-
Storling, Joachi ...
-
Pociot, Flemming
-
visa fler...
-
Goodman, Nathan
-
Hood, Lee
-
Welsh, Nils
-
Bontempi, Gianlu ...
-
Eizirik, Decio L ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinsk biotek ...
-
och Medicinsk biotek ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
Genomics
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet