Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-253885" >
Characterization of...
Characterization of functional methylomes by next-generation capture sequencing identifies novel disease-associated variants
-
Allum, Fiona (författare)
-
Shao, Xiaojian (författare)
-
Guénard, Frédéric (författare)
-
visa fler...
-
Simon, Marie-Michelle (författare)
-
Busche, Stephan (författare)
-
Caron, Maxime (författare)
-
Lambourne, John (författare)
-
Lessard, Julie (författare)
-
- Tandre, Karolina (författare)
- Uppsala universitet,Reumatologi
-
- Hedman, Åsa K (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär epidemiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
Kwan, Tony (författare)
-
Ge, Bing (författare)
-
- Rönnblom, Lars (författare)
- Uppsala universitet,Reumatologi
-
McCarthy, Mark I (författare)
-
Deloukas, Panos (författare)
-
Richmond, Todd (författare)
-
Burgess, Daniel (författare)
-
Spector, Timothy D (författare)
-
Tchernof, André (författare)
-
Marceau, Simon (författare)
-
Lathrop, Mark (författare)
-
Vohl, Marie-Claude (författare)
-
Pastinen, Tomi (författare)
-
Grundberg, Elin (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2015-05-29
- 2015
- Engelska.
-
Ingår i: Nature Communications. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2041-1723. ; 6
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://www.nature.c...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Most genome-wide methylation studies (EWAS) of multifactorial disease traits use targeted arrays or enrichment methodologies preferentially covering CpG-dense regions, to characterize sufficiently large samples. To overcome this limitation, we present here a new customizable, cost-effective approach, methylC-capture sequencing (MCC-Seq), for sequencing functional methylomes, while simultaneously providing genetic variation information. To illustrate MCC-Seq, we use whole-genome bisulfite sequencing on adipose tissue (AT) samples and public databases to design AT-specific panels. We establish its efficiency for high-density interrogation of methylome variability by systematic comparisons with other approaches and demonstrate its applicability by identifying novel methylation variation within enhancers strongly correlated to plasma triglyceride and HDL-cholesterol, including at CD36. Our more comprehensive AT panel assesses tissue methylation and genotypes in parallel at ∼4 and ∼3 M sites, respectively. Our study demonstrates that MCC-Seq provides comparable accuracy to alternative approaches but enables more efficient cataloguing of functional and disease-relevant epigenetic and genetic variants for large-scale EWAS.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Reumatologi och inflammation (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Rheumatology and Autoimmunity (hsv//eng)
Nyckelord
- Medical Science
- Medicinsk vetenskap
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Allum, Fiona
-
Shao, Xiaojian
-
Guénard, Frédéri ...
-
Simon, Marie-Mic ...
-
Busche, Stephan
-
Caron, Maxime
-
visa fler...
-
Lambourne, John
-
Lessard, Julie
-
Tandre, Karolina
-
Hedman, Åsa K
-
Kwan, Tony
-
Ge, Bing
-
Rönnblom, Lars
-
McCarthy, Mark I
-
Deloukas, Panos
-
Richmond, Todd
-
Burgess, Daniel
-
Spector, Timothy ...
-
Tchernof, André
-
Marceau, Simon
-
Lathrop, Mark
-
Vohl, Marie-Clau ...
-
Pastinen, Tomi
-
Grundberg, Elin
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Reumatologi och ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Communica ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet