Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-254471" >
Copy number expansi...
Copy number expansion of the STX17 duplication in melanoma tissue from Grey horses
-
- Sundström, Elisabeth (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics,Uppsala University
-
- Imsland, Freyja (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Mikko, Sofia (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics
-
visa fler...
-
Wade, Claire (författare)
-
Sigurdsson, Snaevar (författare)
-
- Pielberg, Gerli R (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Golovko, Anna (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
Curik, Ino (författare)
-
Seltenhammer, Monika H. (författare)
-
Soelkner, Johann (författare)
-
- Lindblad-Toh, Kerstin (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Andersson, Leif (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics,Uppsala University
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
-
- 2012-08-02
- 2012
- Engelska.
-
Ingår i: BMC Genomics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1471-2164. ; 13, s. 365-
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://bmcgenomics....
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://res.slu.se/i...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Background: Greying with age in horses is an autosomal dominant trait, associated with loss of hair pigmentation, melanoma and vitiligo-like depigmentation. We recently identified a 4.6 kb duplication in STX17 to be associated with the phenotype. The aims of this study were to investigate if the duplication in Grey horses shows copy number variation and to exclude that any other polymorphism is uniquely associated with the Grey mutation.Results: We found little evidence for copy number expansion of the duplicated sequence in blood DNA from Grey horses. In contrast, clear evidence for copy number expansions was indicated in five out of eight tested melanoma tissues or melanoma cell lines. A tendency of a higher copy number in aggressive tumours was also found. Massively parallel resequencing of the similar to 350 kb Grey haplotype did not reveal any additional mutations perfectly associated with the phenotype, confirming the duplication as the true causative mutation. We identified three SNP alleles that were present in a subset of Grey haplotypes within the 350 kb region that shows complete linkage disequilibrium with the causative mutation. Thus, these three nucleotide substitutions must have occurred subsequent to the duplication, consistent with our interpretation that the Grey mutation arose more than 2,000 years before present.Conclusions: These results suggest that the mutation acts as a melanoma-driving regulatory element. The elucidation of the mechanistic features of the duplication will be of considerable interest for the characterization of these horse melanomas as well as for the field of human melanoma research.
Ämnesord
- LANTBRUKSVETENSKAPER -- Bioteknologi med applikationer på växter och djur -- Genetik och förädling inom lantbruksvetenskap (hsv//swe)
- AGRICULTURAL SCIENCES -- Agricultural Biotechnology -- Genetics and Breeding in Agricultural Sciences (hsv//eng)
- LANTBRUKSVETENSKAPER -- Veterinärmedicin (hsv//swe)
- AGRICULTURAL SCIENCES -- Veterinary Science (hsv//eng)
Nyckelord
- STX17
- Melanoma
- Hair greying
- Copy number variation
- Melanocytes
- Horses
- Coat colour
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Sundström, Elisa ...
-
Imsland, Freyja
-
Mikko, Sofia
-
Wade, Claire
-
Sigurdsson, Snae ...
-
Pielberg, Gerli ...
-
visa fler...
-
Golovko, Anna
-
Curik, Ino
-
Seltenhammer, Mo ...
-
Soelkner, Johann
-
Lindblad-Toh, Ke ...
-
Andersson, Leif
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Bioteknologi med ...
-
och Genetik och förä ...
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Veterinärmedicin
- Artiklar i publikationen
-
BMC Genomics
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Sveriges Lantbruksuniversitet