Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-296859" >
CopyNumber450kCancer :
CopyNumber450kCancer : baseline correction for accurate copy number calling from the 450k methylation array
-
- Marzouka, Nour-al-dain (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär medicin
-
- Nordlund, Jessica (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär medicin
-
- Bäcklin, Christofer L. (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär medicin,Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin
-
visa fler...
-
- Lönnerholm, Gudmar (författare)
- Uppsala universitet,Pediatrik
-
- Syvänen, Ann-Christine (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär medicin
-
- Almlöf, Jonas Carlsson (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär medicin
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2015-11-09
- 2016
- Engelska.
-
Ingår i: Bioinformatics. - : Oxford University Press (OUP). - 1367-4803 .- 1367-4811. ; 32:7, s. 1080-1082
- Relaterad länk:
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
visa fler...
-
https://academic.oup...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip (450k) is widely used for the evaluation of DNA methylation levels in large-scale datasets, particularly in cancer. The 450k design allows copy number variant (CNV) calling using existing bioinformatics tools. However, in cancer samples, numerous large-scale aberrations cause shifting in the probe intensities and thereby may result in erroneous CNV calling. Therefore, a baseline correction process is needed. We suggest the maximum peak of probe segment density to correct the shift in the intensities in cancer samples.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinsk bioteknologi -- Medicinsk bioteknologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Medical Biotechnology -- Medical Biotechnology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas