Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-299868" >
Multiple regulatory...
Multiple regulatory variants located in cell type-specific enhancers within the PKP2 locus form major risk and protective haplotypes for canine atopic dermatitis in German shepherd dogs
-
- Tengvall, Katarina, 1980- (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Uppsala University
-
- Kozyrev, Sergey (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Kierczak, Marcin (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
visa fler...
-
- Bergvall, Kerstin (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
-
- Farias, Fabiana H. G. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Ardesjö-Lundgren, Brita (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Swedish Univ Agr Sci, Dept Anim Breeding & Genet, Uppsala, Sweden,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics
-
- Olsson, Mia (författare)
- Karolinska Institutet,Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden
-
- Murén, Eva (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Hagman, Ragnvi (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
-
- Leeb, Tosso (författare)
- Univ Bern, Inst Genet, Bern, Switzerland
-
- Pielberg, Gerli (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Hedhammar, Åke (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
-
- Andersson, Göran (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics
-
- Lindblad-Toh, Kerstin (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
-
- 2016-06-29
- 2016
- Engelska.
-
Ingår i: BMC Genetics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1471-2156. ; 17:1
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
https://res.slu.se/i...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- BackgroundCanine atopic dermatitis (CAD) is a chronic inflammatory skin disease triggered by allergic reactions involving IgE antibodies directed towards environmental allergens. We previously identified a ~1.5 Mb locus on canine chromosome 27 associated with CAD in German shepherd dogs (GSDs). Fine-mapping indicated association closest to the PKP2 gene encoding plakophilin 2.ResultsAdditional genotyping and association analyses in GSDs combined with control dogs from five breeds with low-risk for CAD revealed the top SNP 27:19,086,778 (p = 1.4 × 10−7) and a rare ~48 kb risk haplotype overlapping the PKP2 gene and shared only with other high-risk CAD breeds. We selected altogether nine SNPs (four top-associated in GSDs and five within the ~48 kb risk haplotype) that spanned ~280 kb forming one risk haplotype carried by 35 % of the GSD cases and 10 % of the GSD controls (OR = 5.1, p = 5.9 × 10−5), and another haplotype present in 85 % of the GSD cases and 98 % of the GSD controls and conferring a protective effect against CAD in GSDs (OR = 0.14, p = 0.0032). Eight of these SNPs were analyzed for transcriptional regulation using reporter assays where all tested regions exerted regulatory effects on transcription in epithelial and/or immune cell lines, and seven SNPs showed allelic differences. The DNA fragment with the top-associated SNP 27:19,086,778 displayed the highest activity in keratinocytes with 11-fold induction of transcription by the risk allele versus 8-fold by the control allele (pdifference = 0.003), and also mapped close (~3 kb) to an ENCODE skin-specific enhancer region.ConclusionsOur experiments indicate that multiple CAD-associated genetic variants located in cell type-specific enhancers are involved in gene regulation in different cells and tissues. No single causative variant alone, but rather multiple variants combined in a risk haplotype likely contribute to an altered expression of the PKP2 gene, and possibly nearby genes, in immune and epithelial cells, and predispose GSDs to CAD.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
- LANTBRUKSVETENSKAPER -- Bioteknologi med applikationer på växter och djur -- Genetik och förädling inom lantbruksvetenskap (hsv//swe)
- AGRICULTURAL SCIENCES -- Agricultural Biotechnology -- Genetics and Breeding in Agricultural Sciences (hsv//eng)
Nyckelord
- PKP2
- Atopic dermatitis
- Genetic association
- Luciferase reporter assay
- Cell type-specific enhancers
- Dog
- Plakophilin 2
- Eczema
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Tengvall, Katari ...
-
Kozyrev, Sergey
-
Kierczak, Marcin
-
Bergvall, Kersti ...
-
Farias, Fabiana ...
-
Ardesjö-Lundgren ...
-
visa fler...
-
Olsson, Mia
-
Murén, Eva
-
Hagman, Ragnvi
-
Leeb, Tosso
-
Pielberg, Gerli
-
Hedhammar, Åke
-
Andersson, Göran
-
Lindblad-Toh, Ke ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Bioteknologi med ...
-
och Genetik och förä ...
- Artiklar i publikationen
-
BMC Genetics
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet
-
Sveriges Lantbruksuniversitet