SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-396775"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-396775" > A chromosome-level ...

A chromosome-level assembly of the Atlantic herring : detection of a supergene and other signals of selection

Pettersson, Mats (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Rochus, Christina Marie (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
Han, Fan (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
visa fler...
Chen, Junfeng (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Hill, Jason (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Wallerman, Ola (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Fan, Guangyi (författare)
BGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China; State Key Laboratory of Quality Research in Chinese Medicine, Institute of Chinese Medical Sciences, University of Macau, Macao, China
Hong, Xiaoning (författare)
BGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China; BGI Education Center, University of Chinese Academy of Sciences, Shenzhen 518083, China
Xu, Qiwu (författare)
BGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China
Zhang, He (författare)
BGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China
Liu, Shanshan (författare)
BGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China
Liu, Xin (författare)
BGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China; BGI-Shenzhen, Shenzhen 518083, China; China National GeneBank, BGI-Shenzhen, Shenzhen 518120, China
Haggerty, Leanne (författare)
European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom
Hunt, Toby (författare)
European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom
Martin, Fergal (författare)
European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom
Flicek, Paul (författare)
European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom
Bunikis, Ignas (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
Folkvord, Arild (författare)
Department of Biological Sciences, University of Bergen, 5020 Bergen, Norway; Institute of Marine Research, 5018 Bergen, Norway
Andersson, Leif (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Department of Animal Breeding and Genetics, Swedish University of Agricultural Sciences, SE-75007 Uppsala, Sweden;Department of Veterinary Integrative Biosciences, Texas A&M University, College Station, Texas 77843, USA
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2019-10-24
2019
Engelska.
Ingår i: Genome Research. - : Cold Spring Harbor Laboratory Press (CSHL). - 1088-9051 .- 1549-5469. ; 29:11, s. 1919-1928
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
http://genome.cshlp....
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The Atlantic herring is a model species for exploring the genetic basis for ecological adaptation, due to its huge population size and extremely low genetic differentiation at selectively neutral loci. However, such studies have so far been hampered because of a highly fragmented genome assembly. Here, we deliver a chromosome-level genome assembly based on a hybrid approach combining a de novo Pacific Biosciences (PacBio) assembly with Hi-C-supported scaffolding. The assembly comprises 26 autosomes with sizes ranging from 12.4 to 33.1 Mb and a total size, in chromosomes, of 726 Mb, which has been corroborated by a high-resolution linkage map. A comparison between the herring genome assembly with other high-quality assemblies from bony fishes revealed few inter-chromosomal but frequent intra-chromosomal rearrangements. The improved assembly facilitates analysis of previously intractable large-scale structural variation, allowing, for example, the detection of a 7.8-Mb inversion on Chromosome 12 underlying ecological adaptation. This supergene shows strong genetic differentiation between populations. The chromosome-based assembly also markedly improves the interpretation of previously detected signals of selection, allowing us to reveal hundreds of independent loci associated with ecological adaptation.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Evolutionsbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Evolutionary Biology (hsv//eng)

Nyckelord

Atlantic herring
assembly
ecological adaptation
supergene

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy