SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-449209"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-449209" > Leveraging breeding...

Leveraging breeding programs and genomic data in Norway spruce (Picea abies L. Karst) for GWAS analysis

Chen, Zhi-Qiang (författare)
Swedish Univ Agr Sci, Umeå Plant Sci Ctr, Dept Forest Genet & Plant Physiol, SE-90183 Umeå, Sweden.
Zan, Yanjun (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology,Swedish Univ Agr Sci, Umeå Plant Sci Ctr, Dept Forest Genet & Plant Physiol, SE-90183 Umeå, Sweden.
Milesi, Pascal (författare)
Uppsala universitet,Växtekologi och evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
visa fler...
Zhou, Linghua (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology,Swedish Univ Agr Sci, Umeå Plant Sci Ctr, Dept Forest Genet & Plant Physiol, SE-90183 Umeå, Sweden.
Chen, Jun (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Uppsala universitet,Växtekologi och evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Zhejiang Univ, Coll Life Sci, Hangzhou 310058, Zhejiang, Peoples R China.,Department of Forest Mycology and Plant Pathology
Li, Lili (författare)
Uppsala universitet,Växtekologi och evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Cui, BinBin (författare)
Baoding Univ, Coll Biochem & Environm Engn, Baoding 071000, Hebei, Peoples R China.
Niu, Shihui (författare)
Beijing Forestry Univ, Beijing Adv Innovat Ctr Tree Breeding Mol Design, Beijing, Peoples R China.
Westin, Johan (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Enheten för skoglig fältforskning,Unit for Field-based Forest Research,Forestry Research Institute of Sweden, Skogforsk,Skogforsk, Box 3, SE-91821 Savar, Sweden.;Swedish Univ Agr Sci, Unit Field Based Forest Res, SE-90183 Umeå, Sweden.
Karlsson, Bo (författare)
Skogforsk, Ekebo 2250, SE-26890 Svalov, Sweden.
Garcia Gil, Rosario (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology,Swedish Univ Agr Sci, Umeå Plant Sci Ctr, Dept Forest Genet & Plant Physiol, SE-90183 Umeå, Sweden.
Lascoux, Martin (författare)
Uppsala universitet,Växtekologi och evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Wu, Harry (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology,Beijing Forestry University,Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO),Swedish Univ Agr Sci, Umeå Plant Sci Ctr, Dept Forest Genet & Plant Physiol, SE-90183 Umeå, Sweden.;Beijing Forestry Univ, Beijing Adv Innovat Ctr Tree Breeding Mol Design, Beijing, Peoples R China.;CSIRO Natl Collect Res Australia, Black Mt Lab, Canberra, ACT 2601, Australia.
Chen, Zhiqiang (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
visa färre...
Swedish Univ Agr Sci, Umeå Plant Sci Ctr, Dept Forest Genet & Plant Physiol, SE-90183 Umeå, Sweden Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi (creator_code:org_t)
 
2021-06-13
2021
Engelska.
Ingår i: Genome Biology. - : BioMed Central (BMC). - 1465-6906 .- 1474-760X. ; 22:1
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
https://genomebiolog...
https://pub.epsilon.... (primary) (Raw object) (free)
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
https://res.slu.se/i...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Background: Genome-wide association studies (GWAS) identify loci underlying the variation of complex traits. One of the main limitations of GWAS is the availability of reliable phenotypic data, particularly for long-lived tree species. Although an extensive amount of phenotypic data already exists in breeding programs, accounting for its high heterogeneity is a great challenge. We combine spatial and factor-analytics analyses to standardize the heterogeneous data from 120 field experiments of 483,424 progenies of Norway spruce to implement the largest reported GWAS for trees using 134 605 SNPs from exome sequencing of 5056 parental trees.Results: We identify 55 novel quantitative trait loci (QTLs) that are associated with phenotypic variation. The largest number of QTLs is associated with the budburst stage, followed by diameter at breast height, wood quality, and frost damage. Two QTLs with the largest effect have a pleiotropic effect for budburst stage, frost damage, and diameter and are associated with MAP3K genes. Genotype data called from exome capture, recently developed SNP array and gene expression data indirectly support this discovery.Conclusion: Several important QTLs associated with growth and frost damage have been verified in several southern and northern progeny plantations, indicating that these loci can be used in QTL-assisted genomic selection. Our study also demonstrates that existing heterogeneous phenotypic data from breeding programs, collected over several decades, is an important source for GWAS and that such integration into GWAS should be a major area of inquiry in the future.

Ämnesord

LANTBRUKSVETENSKAPER  -- Bioteknologi med applikationer på växter och djur -- Genetik och förädling inom lantbruksvetenskap (hsv//swe)
AGRICULTURAL SCIENCES  -- Agricultural Biotechnology -- Genetics and Breeding in Agricultural Sciences (hsv//eng)
LANTBRUKSVETENSKAPER  -- Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiske -- Skogsvetenskap (hsv//swe)
AGRICULTURAL SCIENCES  -- Agriculture, Forestry and Fisheries -- Forest Science (hsv//eng)

Nyckelord

Norway spruce
Frost damage
Genome-wide association study
Wood quality
Budburst stage
MAP3K gene

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy