Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-485905" >
Approaches for cont...
Approaches for containerized scientific workflows in cloud environments with applications in life science
-
- Spjuth, Ola, Professor, 1977- (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Capuccini, Marco (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för beräkningsvetenskap,Tillämpad beräkningsvetenskap,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap
-
Carone, Matteo (författare)
-
visa fler...
-
- Larsson, Anders (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap
-
- Schaal, Wesley, PhD (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Novella, Jon Ander (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
Stein, Oliver (författare)
-
Ekmefjord, Morgan (författare)
-
Tommaso, Paolo Di (författare)
-
Floden, Evan (författare)
-
Notredame, Cedric (författare)
-
Moreno, Pablo (författare)
-
- Hellander, Andreas (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för beräkningsvetenskap,Tillämpad beräkningsvetenskap
-
- Emami Khoonsari, Payam (författare)
- Uppsala universitet,Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin,Klinisk kemi
-
- Herman, Stephanie (författare)
- Uppsala universitet,Klinisk kemi,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Kultima, Kim (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin,Klinisk kemi
-
- Lampa, Samuel (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2021-06-29
- 2021
- Engelska.
-
Ingår i: F1000 Research. - : F1000 Research Ltd. - 2046-1402. ; 10, s. 513-513
- Relaterad länk:
-
https://f1000researc...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Containers are gaining popularity in life science research as they provide a solution for encompassing dependencies of provisioned tools, simplify software installations for end users and offer a form of isolation between processes. Scientific workflows are ideal for chaining containers into data analysis pipelines to aid in creating reproducible analyses. In this article, we review a number of approaches to using containers as implemented in the workflow tools Nextflow, Galaxy, Pachyderm, Argo, Kubeflow, Luigi and SciPipe, when deployed in cloud environments. A particular focus is placed on the workflow tool’s interaction with the Kubernetes container orchestration framework.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Bioinformatics
- Bioinformatik
Publikations- och innehållstyp
- vet (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Spjuth, Ola, Pro ...
-
Capuccini, Marco
-
Carone, Matteo
-
Larsson, Anders
-
Schaal, Wesley, ...
-
Novella, Jon And ...
-
visa fler...
-
Stein, Oliver
-
Ekmefjord, Morga ...
-
Tommaso, Paolo D ...
-
Floden, Evan
-
Notredame, Cedri ...
-
Moreno, Pablo
-
Hellander, Andre ...
-
Emami Khoonsari, ...
-
Herman, Stephani ...
-
Kultima, Kim
-
Lampa, Samuel
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
F1000 Research
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet