Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-500359" >
Coherent diffractiv...
Coherent diffractive imaging of proteins and viral capsids : simulating MS SPIDOC
-
Kierspel, Thomas (författare)
-
Kadek, Alan (författare)
-
Barran, Perdita (författare)
-
visa fler...
-
Bellina, Bruno (författare)
-
- Bijedic N, Adi (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för fysik och astronomi
-
- Brodmerkel, Maxim N. (författare)
- Uppsala universitet,Biokemi
-
Commandeur, Jan (författare)
-
- Caleman, Carl (författare)
- Uppsala universitet,Kemisk och biomolekylär fysik,Centre for Free-Electron Laser Science, Deutsches Elektronen-Synchrotron DESY, Notkestraße 85, E22607, Hamburg, Germany
-
Damjanović, Tomislav (författare)
-
- Dawod, Ibrahim (författare)
- Uppsala universitet,Kemisk och biomolekylär fysik,European XFEL, Holzkoppel 4, 22869, Schenefeld, Germany
-
- De Santis, Emiliano, PhD (författare)
- Uppsala universitet,Biokemi
-
Lekkas, Alexandros (författare)
-
Lorenzen, Kristina (författare)
-
López Morillo, Luis (författare)
-
- Mandl, Thomas (författare)
- Uppsala universitet,Kemisk och biomolekylär fysik,University of Applied Sciences Technikum Wien, Höchstädtpl. 6, 1200, Vienna, Austria
-
- Marklund, Erik G., Teknologie doktor, 1979- (författare)
- Uppsala universitet,Biokemi
-
Papanastasiou, Dimitris (författare)
-
Ramakers, Lennart A. I. (författare)
-
Schweikhard, Lutz (författare)
-
Simke, Florian (författare)
-
- Sinelnikova, Anna (författare)
- Uppsala universitet,Materialteori
-
Smyrnakis, Athanasios (författare)
-
- Timneanu, Nicusor (författare)
- Uppsala universitet,Kemisk och biomolekylär fysik
-
Uetrecht, Charlotte (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Springer Nature, 2023
- 2023
- Engelska.
-
Ingår i: Analytical and Bioanalytical Chemistry. - : Springer Nature. - 1618-2642 .- 1618-2650. ; 415:18 SI, s. 4209-4220
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- MS SPIDOC is a novel sample delivery system designed for single (isolated) particle imaging at X-ray Free-Electron Lasers that is adaptable towards most large-scale facility beamlines. Biological samples can range from small proteins to MDa particles. Following nano-electrospray ionization, ionic samples can be m/z-filtered and structurally separated before being oriented at the interaction zone. Here, we present the simulation package developed alongside this prototype. The first part describes how the front-to-end ion trajectory simulations have been conducted. Highlighted is a quadrant lens; a simple but efficient device that steers the ion beam within the vicinity of the strong DC orientation field in the interaction zone to ensure spatial overlap with the X-rays. The second part focuses on protein orientation and discusses its potential with respect to diffractive imaging methods. Last, coherent diffractive imaging of prototypical T = 1 and T = 3 norovirus capsids is shown. We use realistic experimental parameters from the SPB/SFX instrument at the European XFEL to demonstrate that low-resolution diffractive imaging data (q < 0.3 nm−1) can be collected with only a few X-ray pulses. Such low-resolution data are sufficient to distinguish between both symmetries of the capsids, allowing to probe low abundant species in a beam if MS SPIDOC is used as sample delivery.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biofysik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biophysics (hsv//eng)
Nyckelord
- SPI
- X-ray
- Native MS
- Protein complex structure
- Viral particles
- Simulation
- Modeling
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Kierspel, Thomas
-
Kadek, Alan
-
Barran, Perdita
-
Bellina, Bruno
-
Bijedic N, Adi
-
Brodmerkel, Maxi ...
-
visa fler...
-
Commandeur, Jan
-
Caleman, Carl
-
Damjanović, Tomi ...
-
Dawod, Ibrahim
-
De Santis, Emili ...
-
Lekkas, Alexandr ...
-
Lorenzen, Kristi ...
-
López Morillo, L ...
-
Mandl, Thomas
-
Marklund, Erik G ...
-
Papanastasiou, D ...
-
Ramakers, Lennar ...
-
Schweikhard, Lut ...
-
Simke, Florian
-
Sinelnikova, Ann ...
-
Smyrnakis, Athan ...
-
Timneanu, Nicuso ...
-
Uetrecht, Charlo ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biofysik
- Artiklar i publikationen
-
Analytical and B ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet