Sökning: id:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/162708" >
Megraft: A software...
Megraft: A software package to graft ribosomal small subunit (16S/18S) fragments onto full-length sequences for accurate species richness and sequencing depth analysis in pyrosequencing-length metagenomes
-
- Bengtsson-Palme, Johan, 1985 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för fysiologi,Department of Biological and Environmental Sciences,Institute of Neuroscience and Physiology, Department of Physiology,University of Gothenburg
-
Hartmann, Martin (författare)
-
Unterseher, Martin (författare)
-
visa fler...
-
Vaishampayan, Parag (författare)
-
Abarenkov, Kessy (författare)
-
Durso, Lisa (författare)
-
Bik, Elisabeth M. (författare)
-
Garey, James R. (författare)
-
- Eriksson, Martin, 1970 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg
-
- Nilsson, R. Henrik, 1976 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Elsevier BV, 2012
- 2012
- Engelska.
-
Ingår i: Research in Microbiology. - : Elsevier BV. - 0923-2508. ; 163:6-7, s. 407-412
- Relaterad länk:
-
https://gup.ub.gu.se... (primary) (free)
-
visa fler...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://research.cha...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Metagenomic libraries represent subsamples of the total DNA found at a study site and offer unprecedented opportunities to study ecological and functional aspects of microbial communities. To examine the depth of a community sequencing effort, rarefaction analysis of the ribosomal small subunit (SSU/16S/18S) gene in the metagenome is usually performed. The fragmentary, non-overlapping nature of SSU sequences in metagenomic libraries poses a problem for this analysis, however. We introduce a software package – Megraft – that grafts SSU fragments onto full-length SSU sequences, accounting for observed and unobserved variability, for accurate assessment of species richness and sequencing depth in metagenomics endeavors.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biologisk systematik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biological Systematics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Metagenomics
- Rarefaction
- Species richness analysis
- rDNA
- 16S
- 18S
- diversitetsanalys
- Species richness analysis
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Bengtsson-Palme, ...
-
Hartmann, Martin
-
Unterseher, Mart ...
-
Vaishampayan, Pa ...
-
Abarenkov, Kessy
-
Durso, Lisa
-
visa fler...
-
Bik, Elisabeth M ...
-
Garey, James R.
-
Eriksson, Martin ...
-
Nilsson, R. Henr ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biologisk system ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Research in Micr ...
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet
-
Chalmers tekniska högskola