Sökning: id:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/198694" >
Identification of t...
Identification of the RNA recognition element of the RBPMS family of RNA-binding proteins and their transcriptome-wide mRNA targets.
-
Farazi, Thalia A (författare)
-
Leonhardt, Carl S (författare)
-
Mukherjee, Neelanjan (författare)
-
visa fler...
-
Mihailovic, Aleksandra (författare)
-
Li, Song (författare)
-
Max, Klaas E A (författare)
-
Meyer, Cindy (författare)
-
Yamaji, Masashi (författare)
-
Cekan, Pavol (författare)
-
Jacobs, Nicholas C (författare)
-
Gerstberger, Stefanie (författare)
-
Bognanni, Claudia (författare)
-
- Larsson, Erik, 1975 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology
-
Ohler, Uwe (författare)
-
Tuschl, Thomas (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2014-05-23
- 2014
- Engelska.
-
Ingår i: RNA (New York, N.Y.). - : Cold Spring Harbor Laboratory. - 1469-9001 .- 1355-8382. ; 20, s. 1090-1102
- Relaterad länk:
-
https://gup.ub.gu.se... (primary) (free)
-
visa fler...
-
http://rnajournal.cs...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Recent studies implicated the RNA-binding protein with multiple splicing (RBPMS) family of proteins in oocyte, retinal ganglion cell, heart, and gastrointestinal smooth muscle development. These RNA-binding proteins contain a single RNA recognition motif (RRM), and their targets and molecular function have not yet been identified. We defined transcriptome-wide RNA targets using photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) in HEK293 cells, revealing exonic mature and intronic pre-mRNA binding sites, in agreement with the nuclear and cytoplasmic localization of the proteins. Computational and biochemical approaches defined the RNA recognition element (RRE) as a tandem CAC trinucleotide motif separated by a variable spacer region. Similar to other mRNA-binding proteins, RBPMS family of proteins relocalized to cytoplasmic stress granules under oxidative stress conditions suggestive of a support function for mRNA localization in large and/or multinucleated cells where it is preferentially expressed.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
Nyckelord
- RNA-binding protein
- PAR-CLIP
- RNA recognition element
- RBPMS
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Farazi, Thalia A
-
Leonhardt, Carl ...
-
Mukherjee, Neela ...
-
Mihailovic, Alek ...
-
Li, Song
-
Max, Klaas E A
-
visa fler...
-
Meyer, Cindy
-
Yamaji, Masashi
-
Cekan, Pavol
-
Jacobs, Nicholas ...
-
Gerstberger, Ste ...
-
Bognanni, Claudi ...
-
Larsson, Erik, 1 ...
-
Ohler, Uwe
-
Tuschl, Thomas
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
-
RNA (New York, N ...
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet