SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:38bc8b67-3847-4b77-8382-75c31dfbc25b"
 

Sökning: id:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:38bc8b67-3847-4b77-8382-75c31dfbc25b" > Methylation pattern...

Methylation patterns and chromatin accessibility in neuroendocrine lung cancer

Arbajian, Elsa (författare)
Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Genetiska avvikelser i mjukdelstumörer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,The genetics of soft tissue tumors,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund
Aine, Mattias (författare)
Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för molekylär hematologi,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Division of Molecular Hematology (DMH),Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund
Karlsson, Anna (författare)
Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine
visa fler...
Vallon-Christersson, Johan (författare)
Lund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments
Brunnström, Hans (författare)
Karolinska University Hospital
Davidsson, Josef (författare)
Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för molekylär hematologi,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Division of Molecular Hematology (DMH),Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine
Mohlin, Sofie (författare)
Lund University,Lunds universitet,Pediatrik, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Avdelningen för translationell cancerforskning,Institutionen för laboratoriemedicin,Childhood Cancer Research Unit,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Paediatrics (Lund),Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Division of Translational Cancer Research,Department of Laboratory Medicine,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments
Planck, Maria (författare)
Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital
Staaf, Johan (författare)
Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2020-07-22
2020
Engelska 17 s.
Ingår i: Cancers. - : MDPI AG. - 2072-6694. ; 12:8, s. 1-17
Relaterad länk:
http://dx.doi.org/10... (free)
visa fler...
https://www.mdpi.com...
https://lup.lub.lu.s...
https://doi.org/10.3...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Lung cancer is the worldwide leading cause of death from cancer. Epigenetic modifications such as methylation and changes in chromatin accessibility are major gene regulatory mechanisms involved in tumorigenesis and cellular lineage commitment. We aimed to characterize these processes in the context of neuroendocrine (NE) lung cancer. Illumina 450K DNA methylation data were collected for 1407 lung cancers including 27 NE tumors. NE differentially methylated regions (NE-DMRs) were identified and correlated with gene expression data for 151 lung cancers and 31 human tissue entities from the Genotype-Tissue Expression (GTEx) consortium. Assay for transposase-accessible chromatin sequencing (ATAC-seq) and RNA sequencing (RNA-seq) were performed on eight lung cancer cell lines, including three NE cell lines, to identify neuroendocrine specific gene regulatory elements. We identified DMRs with methylation patterns associated with differential gene expression and an NE tumor phenotype. DMR-associated genes could further be split into six functional modules, including one highly specific gene module for NE lung cancer showing high expression in both normal and malignant brain tissue. The regulatory potential of NE-DMRs was further validated in vitro using paired ATAC-and RNA-seq and revealed both proximal and distal regulatory elements of canonical NE-marker genes such as CHGA, NCAM1, INSM1, as well as a number of novel candidate markers of NE lung cancer. Using multilevel genomic analyses of both tumor bulk tissue and lung cancer cell lines, we identified a large catalogue of gene regulatory elements related to the NE phenotype of lung cancer.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)

Nyckelord

ATAC-seq
DNA methylation
Lung cancer
Neuroendocrine lung cancer
Open chromatin

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • Cancers (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy