SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:99376444-8a1d-4578-97c5-1356fd996be1"
 

Sökning: id:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:99376444-8a1d-4578-97c5-1356fd996be1" > The Immunopeptidome...

The Immunopeptidome from a Genomic Perspective : Establishing the Noncanonical Landscape of MHC Class I–Associated Peptides

Bedran, Georges (författare)
University of Gdansk
Gasser, Hans Christof (författare)
University of Edinburgh
Weke, Kenneth (författare)
University of Gdansk
visa fler...
Wang, Tongjie (författare)
University of Edinburgh
Bedran, Dominika (författare)
University of Gdansk
Laird, Alexander (författare)
Western General Hospital,University of Edinburgh
Battail, Christophe (författare)
University Grenoble Alpes
Zanzotto, Fabio Massimo (författare)
University of Rome Tor Vergata
Pesquita, Catia (författare)
NOVA University Lisbon
Axelson, Hákan (författare)
Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för translationell cancerforskning,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Njurcancergruppen,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Division of Translational Cancer Research,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,Kidney cancer research group,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments
Rajan, Ajitha (författare)
University of Edinburgh
Harrison, David J. (författare)
Palkowski, Aleksander (författare)
University of Gdansk
Pawlik, Maciej (författare)
Parys, Maciej (författare)
The Royal (Dick) School of Veterinary Studies
O’Neill, J. Robert (författare)
Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust
Brennan, Paul M. (författare)
University of Edinburgh
Symeonides, Stefan N. (författare)
University of Edinburgh
Goodlett, David R. (författare)
University of Gdansk,University of Victoria
Litchfield, Kevin (författare)
University College London
Fahraeus, Robin (författare)
University of Gdansk,Institut Gustave Roussy
Hupp, Ted R. (författare)
University of Gdansk,University of Edinburgh
Kote, Sachin (författare)
University of Gdansk
Alfaro, Javier A. (författare)
University of Victoria,University of Edinburgh,University of Gdansk
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2023
2023
Engelska 21 s.
Ingår i: Cancer immunology research. - 2326-6066. ; 11:6, s. 742-762
Relaterad länk:
http://dx.doi.org/10... (free)
visa fler...
https://lup.lub.lu.s...
https://doi.org/10.1...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Tumor antigens can emerge through multiple mechanisms, including translation of noncoding genomic regions. This noncanonical category of tumor antigens has recently gained attention; however, our understanding of how they recur within and between cancer types is still in its infancy. Therefore, we developed a proteogenomic pipeline based on deep learning de novo mass spectrometry (MS) to enable the discovery of noncanonical MHC class I–associated peptides (ncMAP) from noncoding regions. Considering that the emergence of tumor antigens can also involve posttranslational modifications (PTM), we included an open search component in our pipeline. Leveraging the wealth of MS-based immunopeptidomics, we analyzed data from 26 MHC class I immunopeptidomic studies across 11 different cancer types. We validated the de novo identified ncMAPs, along with the most abundant PTMs, using spectral matching and controlled their FDR to 1%. The noncanonical presentation appeared to be 5 times enriched for the A03 HLA supertype, with a projected population coverage of 55%. The data reveal an atlas of 8,601 ncMAPs with varying levels of cancer selectivity and suggest 17 cancer-selective ncMAPs as attractive therapeutic targets according to a stringent cutoff. In summary, the combination of the open-source pipeline and the atlas of ncMAPs reported herein could facilitate the identification and screening of ncMAPs as targets for T-cell therapies or vaccine development.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy