Sökning: id:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:139128655" >
High-throughput chr...
High-throughput chromatin accessibility profiling at single-cell resolution
-
Mezger, A (författare)
-
Klemm, S (författare)
-
Mann, I (författare)
-
visa fler...
-
Brower, K (författare)
-
Mir, A (författare)
-
Bostick, M (författare)
-
Farmer, A (författare)
-
Fordyce, P (författare)
-
- Linnarsson, S (författare)
- Karolinska Institutet
-
Greenleaf, W (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2018-09-07
- 2018
- Engelska.
-
Ingår i: Nature communications. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2041-1723. ; 9:1, s. 3647-
- Relaterad länk:
-
https://www.nature.c...
-
visa fler...
-
http://kipublication...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Here we develop a high-throughput single-cell ATAC-seq (assay for transposition of accessible chromatin) method to measure physical access to DNA in whole cells. Our approach integrates fluorescence imaging and addressable reagent deposition across a massively parallel (5184) nano-well array, yielding a nearly 20-fold improvement in throughput (up to ~1800 cells/chip, 4–5 h on-chip processing time) and library preparation cost (~81¢ per cell) compared to prior microfluidic implementations. We apply this method to measure regulatory variation in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and show robust, de novo clustering of single cells by hematopoietic cell type.
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Mezger, A
-
Klemm, S
-
Mann, I
-
Brower, K
-
Mir, A
-
Bostick, M
-
visa fler...
-
Farmer, A
-
Fordyce, P
-
Linnarsson, S
-
Greenleaf, W
-
visa färre...
- Artiklar i publikationen
-
Nature communica ...
- Av lärosätet
-
Karolinska Institutet