Sökning: id:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:149289223" >
Prime-seq, efficien...
Prime-seq, efficient and powerful bulk RNA sequencing
-
Janjic, A (författare)
-
Wange, LE (författare)
-
Bagnoli, JW (författare)
-
visa fler...
-
Geuder, J (författare)
-
Nguyen, P (författare)
-
Richter, D (författare)
-
Vieth, B (författare)
-
Vick, B (författare)
-
Jeremias, I (författare)
-
- Ziegenhain, C (författare)
- Karolinska Institutet
-
Hellmann, I (författare)
-
Enard, W (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2022-03-31
- 2022
- Engelska.
-
Ingår i: Genome biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1474-760X. ; 23:1, s. 88-
- Relaterad länk:
-
http://kipublication...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Cost-efficient library generation by early barcoding has been central in propelling single-cell RNA sequencing. Here, we optimize and validate prime-seq, an early barcoding bulk RNA-seq method. We show that it performs equivalently to TruSeq, a standard bulk RNA-seq method, but is fourfold more cost-efficient due to almost 50-fold cheaper library costs. We also validate a direct RNA isolation step, show that intronic reads are derived from RNA, and compare cost-efficiencies of available protocols. We conclude that prime-seq is currently one of the best options to set up an early barcoding bulk RNA-seq protocol from which many labs would profit.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Janjic, A
-
Wange, LE
-
Bagnoli, JW
-
Geuder, J
-
Nguyen, P
-
Richter, D
-
visa fler...
-
Vieth, B
-
Vick, B
-
Jeremias, I
-
Ziegenhain, C
-
Hellmann, I
-
Enard, W
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
Genome biology
- Av lärosätet
-
Karolinska Institutet