Sökning: id:"swepub:oai:research.chalmers.se:439d91c5-f270-4244-af05-9a7acf862b9a" >
Bayesian genome sca...
Bayesian genome scale modelling identifies thermal determinants of yeast metabolism
-
- Li, Gang, 1991 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Hu, Yating, 1991 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Zrimec, Jan, 1981 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
visa fler...
-
- Luo, Hao, 1992 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Wang, Hao, 1975 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Wallenberg Centre for Molecular and Translational Medicine
-
- Zelezniak, Aleksej, 1984 (författare)
- Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Ji, Boyang, 1983 (författare)
- Danmarks Tekniske Universitet,Technical University of Denmark,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Nielsen, Jens B, 1962 (författare)
- Danmarks Tekniske Universitet,Technical University of Denmark,BioInnovation Institute (BII),Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2021-01-08
- 2021
- Engelska.
-
Ingår i: Nature Communications. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2041-1723 .- 2041-1723. ; 12:1
- Relaterad länk:
-
https://research.cha... (primary) (free)
-
visa fler...
-
https://www.nature.c...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://research.cha...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The molecular basis of how temperature affects cell metabolism has been a long-standing question in biology, where the main obstacles are the lack of high-quality data and methods to associate temperature effects on the function of individual proteins as well as to combine them at a systems level. Here we develop and apply a Bayesian modeling approach to resolve the temperature effects in genome scale metabolic models (GEM). The approach minimizes uncertainties in enzymatic thermal parameters and greatly improves the predictive strength of the GEMs. The resulting temperature constrained yeast GEM uncovers enzymes that limit growth at superoptimal temperatures, and squalene epoxidase (ERG1) is predicted to be the most rate limiting. By replacing this single key enzyme with an ortholog from a thermotolerant yeast strain, we obtain a thermotolerant strain that outgrows the wild type, demonstrating the critical role of sterol metabolism in yeast thermosensitivity. Therefore, apart from identifying thermal determinants of cell metabolism and enabling the design of thermotolerant strains, our Bayesian GEM approach facilitates modelling of complex biological systems in the absence of high-quality data and therefore shows promise for becoming a standard tool for genome scale modeling.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Farmaceutiska vetenskaper (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Pharmaceutical Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Endokrinologi och diabetes (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Endocrinology and Diabetes (hsv//eng)
Nyckelord
- Science & Technology - Other Topics
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Li, Gang, 1991
-
Hu, Yating, 1991
-
Zrimec, Jan, 198 ...
-
Luo, Hao, 1992
-
Wang, Hao, 1975
-
Zelezniak, Aleks ...
-
visa fler...
-
Ji, Boyang, 1983
-
Nielsen, Jens B, ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Farmaceutiska ve ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Endokrinologi oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Communica ...
- Av lärosätet
-
Chalmers tekniska högskola
-
Göteborgs universitet