Sökning: id:"swepub:oai:research.chalmers.se:b3f54e0e-efc8-4a16-bfe0-ff790885558c" >
Enzyme-free optical...
Enzyme-free optical DNA mapping of the human genome using competitive binding
-
- Müller, Vilhelm, 1990 (författare)
- Chalmers University of Technology
-
- Dvirnas, Albertas (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Har omorganiserats,Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Har omorganiserats,Naturvetenskapliga fakulteten,Computational Biology and Biological Physics - Has been reorganised,Department of Astronomy and Theoretical Physics - Has been reorganised,Faculty of Science
-
- Andersson, John, 1993 (författare)
- Chalmers University of Technology
-
visa fler...
-
- Singh, Vandana, 1985 (författare)
- Chalmers University of Technology
-
- Kesarimangalam, Sriram, 1983 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Johansson, Pegah (författare)
- Sahlgrenska universitetssjukhuset,Sahlgrenska University Hospital
-
- Ebenstein, Y. (författare)
- Tel Aviv University,Tel-Aviv University
-
- Ambjörnsson, Tobias (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Har omorganiserats,Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Har omorganiserats,Naturvetenskapliga fakulteten,Computational Biology and Biological Physics - Has been reorganised,Department of Astronomy and Theoretical Physics - Has been reorganised,Faculty of Science
-
- Westerlund, Fredrik, 1978 (författare)
- Chalmers University of Technology
-
- Kk, Sriram (författare)
- Chalmers University of Technology
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2019-06-05
- 2019
- Engelska.
-
Ingår i: Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press (OUP). - 0305-1048 .- 1362-4962. ; 47:15
- Relaterad länk:
-
https://research.cha... (primary) (free)
-
visa fler...
-
https://academic.oup...
-
http://dx.doi.org/10... (free)
-
https://research.cha...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://research.cha...
-
https://lup.lub.lu.s...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Optical DNA mapping (ODM) allows visualization of long-range sequence information along single DNA molecules. The data can for example be used for detecting long range structural variations, for aiding DNA sequence assembly of complex genomes and for mapping epigenetic marks and DNA damage across the genome. ODM traditionally utilizes sequence specific marks based on nicking enzymes, combined with a DNA stain, YOYO-1, for detection of the DNA contour. Here we use a competitive binding approach, based on YOYO-1 and netropsin, which highlights the contour of the DNA molecules, while simultaneously creating a continuous sequence specific pattern, based on the AT/GC variation along the detected molecule. We demonstrate and validate competitive-binding-based ODM using bacterial artificial chromosomes (BACs) derived from the human genome and then turn to DNA extracted from white blood cells. We generalize our findings with in-silico simulations that show that we can map a vast majority of the human genome. Finally, we demonstrate the possibility of combining competitive binding with enzymatic labeling by mapping DNA damage sites induced by the cytotoxic drug etoposide to the human genome. Overall, we demonstrate that competitive-binding-based ODM has the potential to be used both as a standalone assay for studies of the human genome, as well as in combination with enzymatic approaches, some of which are already commercialized.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biofysik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biophysics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Fysik -- Annan fysik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Physical Sciences -- Other Physics Topics (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Müller, Vilhelm, ...
-
Dvirnas, Alberta ...
-
Andersson, John, ...
-
Singh, Vandana, ...
-
Kesarimangalam, ...
-
Johansson, Pegah
-
visa fler...
-
Ebenstein, Y.
-
Ambjörnsson, Tob ...
-
Westerlund, Fred ...
-
Kk, Sriram
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biofysik
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Fysik
-
och Annan fysik
- Artiklar i publikationen
-
Nucleic Acids Re ...
- Av lärosätet
-
Chalmers tekniska högskola
-
Lunds universitet