Tyck till om SwePub Sök här!
WFRF:(Enroth Stefan)
Sökning: WFRF:(Enroth Stefan) > Andersson Robin > Enroth Stefan 1976 > SICTIN
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
SICTIN Rapid footprinting of massively parallel sequencing data
- Enroth, Stefan, 1976- (författare)
- Andersson, Robin (författare)
- Wadelius, Claes (författare)
- visa fler...
- Komorowski, Jan (författare)
- visa färre...
- (medarbetare)
- (medarbetare)
- visa fler...
- (medarbetare)
- (medarbetare)
- (utgivare)
- (utgivare)
- visa färre...
- 2010
- 2010
- Engelska.
- Ingår i: BioData Mining. - 1756-0381. ; 3
- swepub:Mat__t
Abstract
Ämnesord
Stäng
- BACKGROUND: Massively parallel sequencing allows for genome-wide hypothesis-free investigation of for instance transcription factor binding sites or histone modifications. Although nucleotide resolution detailed information can easily be generated, biological insight often requires a more general view of patterns (footprints) over distinct genomic features such as transcription start sites, exons or repetitive regions. The construction of these footprints is however a time consuming task. METHODS: The presented software generates a binary representation of the signals enabling fast and scalable lookup. This representation allows for footprint generation in mere minutes on a desktop computer. Several different input formats are accepted, e.g. the SAM format, bed-files and the UCSC wiggle track. CONCLUSIONS: Hypothesis-free investigation of genome wide interactions allows for biological data mining at a scale never before seen. Until recently, the main focus of analysis of sequencing data has been targeted on signal patterns around transcriptional start sites which are in manageable numbers. Today, focus is shifting to a wider perspective and numerous genomic features are being studied. To this end, we provide a system allowing for fast querying in the order of hundreds of thousands of features.
Ämnesord
- Medical and Health Sciences (ssif)
- Medicin och hälsovetenskap (ssif)
- Natural Sciences (ssif)
- Mathematics (ssif)
- Naturvetenskap (ssif)
- Matematik (ssif)
- MEDICINE (svep)
- MEDICIN (svep)
Genre
- government publication (marcgt)
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Enroth, Stefan, ...
- Andersson, Robin
- Wadelius, Claes
- Komorowski, Jan
- Artiklar i publikationen
- BioData Mining
- Av lärosätet
- Swepub_uni:_t
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
