SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Huang Jinrong)
 

Sökning: WFRF:(Huang Jinrong) > Genome-wide annotat...

Genome-wide annotation of protein-coding genes in pig

Karlsson, Max (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
Sjöstedt, Evelina (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Klinisk och experimentell patologi,Karolinska Inst, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden.
Oksvold, Per (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
visa fler...
Sivertsson, Åsa (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
Huang, Jinrong (författare)
BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.;Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark.
Alvez, Maria Bueno (författare)
KTH,Proteinvetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
Arif, Muhammad (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
Li, Xiangyu (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
Lin, Lin (författare)
Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark.;Aarhus Univ Hosp, Steno Diabet Ctr Aarhus, Aarhus, Denmark.,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
Yu, Jiaying (författare)
BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.
Ma, Tao (författare)
BGI Shenzhen, MGI, Shenzhen, Peoples R China.
Xu, Fengping (författare)
BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.
Han, Peng (författare)
BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.
Jiang, Hui (författare)
BGI Shenzhen, MGI, Shenzhen, Peoples R China.
Mardinoglu, Adil (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
Zhang, Cheng (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
von Feilitzen, Kalle (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
Xu, Xun (författare)
BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.
Wang, Jian (författare)
BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.
Yang, Huanming (författare)
BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.
Bolund, Lars (författare)
BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.;Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark.
Zhong, Wen (författare)
KTH,Proteinvetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Fagerberg, Linn (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap
Lindskog, Cecilia (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Klinisk och experimentell patologi
Pontén, Fredrik (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Experimentell och klinisk onkologi,Klinisk och experimentell patologi
Mulder, Jan (författare)
Karolinska Institutet,Karolinska Inst, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden.
Luo, Yonglun (författare)
BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.;Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark.;Aarhus Univ Hosp, Steno Diabet Ctr Aarhus, Aarhus, Denmark.
Uhlén, Mathias (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden.
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2022-01-25
2022
Engelska.
Ingår i: BMC Biology. - : Springer Nature. - 1741-7007. ; 20:1
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://bmcbiol.biom...
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
http://kipublication...
https://urn.kb.se/re...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Background: There is a need for functional genome-wide annotation of the protein-coding genes to get a deeper understanding of mammalian biology. Here, a new annotation strategy is introduced based on dimensionality reduction and density-based clustering of whole-body co-expression patterns. This strategy has been used to explore the gene expression landscape in pig, and we present a whole-body map of all protein-coding genes in all major pig tissues and organs. Results: An open-access pig expression map (www.rnaatlas.org ) is presented based on the expression of 350 samples across 98 well-defined pig tissues divided into 44 tissue groups. A new UMAP-based classification scheme is introduced, in which all protein-coding genes are stratified into tissue expression clusters based on body-wide expression profiles. The distribution and tissue specificity of all 22,342 protein-coding pig genes are presented. Conclusions: Here, we present a new genome-wide annotation strategy based on dimensionality reduction and density-based clustering. A genome-wide resource of the transcriptome map across all major tissues and organs in pig is presented, and the data is available as an open-access resource (www.rnaatlas.org), including a comparison to the expression of human orthologs.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinsk bioteknologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Medical Biotechnology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)

Nyckelord

Annotation
Protein coding genes
Genome wide
Transcriptome
Gene expression
Tissue expression profile

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy