SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Ewels Philip)
 

Sökning: WFRF:(Ewels Philip) > Arnqvist Göran > A chromosome-level ...

  • Arnqvist, Göran,Professor,1961-Uppsala universitet,Zooekologi (författare)

A chromosome-level assembly of the seed beetle Callosobruchus maculatus genome with annotation of its repetitive elements

  • Artikel/kapitelEngelska2024

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • Oxford University Press,2024
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-528363
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-528363URI
  • https://doi.org/10.1093/g3journal/jkad266DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-225411URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Callosobruchus maculatus is a major agricultural pest of legume crops worldwide and an established model system in ecology and evolution. Yet, current molecular biological resources for this species are limited. Here, we employ Hi-C sequencing to generate a greatly improved genome assembly and we annotate its repetitive elements in a dedicated in-depth effort where we manually curate and classify the most abundant unclassified repeat subfamilies. We present a scaffolded chromosome-level assembly, which is 1.01 Gb in total length with 86% being contained within the 9 autosomes and the X chromosome. Repetitive sequences accounted for 70% of the total assembly. DNA transposons covered 18% of the genome, with the most abundant superfamily being Tc1-Mariner (9.75% of the genome). This new chromosome-level genome assembly of C. maculatus will enable future genetic and evolutionary studies not only of this important species but of beetles more generally.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Westerberg, Ivar,1996-Stockholms universitet,Uppsala universitet,Systematisk biologi,Stockholm Univ, Dept Ecol Environm & Plant Sci, SE-10691 Stockholm, Sweden,Institutionen för ekologi, miljö och botanik,Uppsala University, Sweden(Swepub:su)ivwe3032 (författare)
  • Galbraith, JamesUniv Adelaide, Sch Biol Sci, Adelaide 5005, Australia.;Univ Exeter, Fac Environm Sci & Econ, Cornwall TR10 9FE, England. (författare)
  • Sayadi, AhmedUppsala universitet,Reumatologi(Swepub:uu)ahmsa102 (författare)
  • Scofield, Douglas G.,1966-Uppsala universitet,Evolutionsbiologi,UPPMAX(Swepub:uu)dousc151 (författare)
  • Olsen, Remi-André,1985-Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, SE-10691 Stockholm, Sweden.(Swepub:su)rolse (författare)
  • Immonen, ElinaUppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)eliim488 (författare)
  • Bonath, Franziska,1985-Stockholms universitet,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut,Stockholm Univ, Wenner Gren Inst, Dept Mol Biosci, Sci Life Lab, SE-10691 Stockholm, Sweden.(Swepub:su)fbona (författare)
  • Ewels, PhilipSeqera Labs, Barcelona 08005, Spain. (författare)
  • Suh, AlexanderUppsala universitet,Systematisk biologi(Swepub:uu)alesu519 (författare)
  • Uppsala universitetZooekologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:G3: Oxford University Press14:22160-1836

Internetlänk

Hitta via bibliotek

  • G3 (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy