Tyck till om SwePub Sök
här!
Sökning: WFRF:(Teichmann Sarah A.)
> (2015-2019)
> Nair Arya Sheela >
Single-cell RNA-seq...
-
Lönnberg, Tapio
(författare)
Single-cell RNA-seq and computational analysis using temporal mixture modelling resolves Th1/Tfh fate bifurcation in malaria
- Artikel/kapitelEngelska2017
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
American Association for the Advancement of Science (AAAS),2017
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-165839
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-165839URI
-
https://doi.org/10.1126/sciimmunol.aal2192DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Differentiation of naïve CD4(+) T cells into functionally distinct T helper subsets is crucial for the orchestration of immune responses. Due to extensive heterogeneity and multiple overlapping transcriptional programs in differentiating T cell populations, this process has remained a challenge for systematic dissection in vivo. By using single-cell transcriptomics and computational analysis using a temporal mixtures of Gaussian processes model, termed GPfates, we reconstructed the developmental trajectories of Th1 and Tfh cells during blood-stage Plasmodium infection in mice. By tracking clonality using endogenous TCR sequences, we first demonstrated that Th1/Tfh bifurcation had occurred at both population and single-clone levels. Next, we identified genes whose expression was associated with Th1 or Tfh fates, and demonstrated a T-cell intrinsic role for Galectin-1 in supporting a Th1 differentiation. We also revealed the close molecular relationship between Th1 and IL-10-producing Tr1 cells in this infection. Th1 and Tfh fates emerged from a highly proliferative precursor that upregulated aerobic glycolysis and accelerated cell cycling as cytokine expression began. Dynamic gene expression of chemokine receptors around bifurcation predicted roles for cell-cell in driving Th1/Tfh fates. In particular, we found that precursor Th cells were coached towards a Th1 but not a Tfh fate by inflammatory monocytes. Thus, by integrating genomic and computational approaches, our study has provided two unique resources, a database www.PlasmoTH.org, which facilitates discovery of novel factors controlling Th1/Tfh fate commitment, and more generally, GPfates, a modelling framework for characterizing cell differentiation towards multiple fates.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Svensson, Valentine
(författare)
-
James, Kylie R.
(författare)
-
Fernandez-Ruiz, Daniel
(författare)
-
Sebina, Ismail
(författare)
-
Montandon, Ruddy
(författare)
-
Soon, Megan S. F.
(författare)
-
Fogg, Lily G.
(författare)
-
Nair, Arya Sheela
(författare)
-
Liligeto, Urijah
(författare)
-
Stubbington, Michael J. T.
(författare)
-
Ly, Lam-Ha
(författare)
-
Bagger, Frederik Otzen
(författare)
-
Zwiessele, Max
(författare)
-
Lawrence, Neil D.
(författare)
-
Souza-Fonseca-Guimaraes, Fernando
(författare)
-
Bunn, Patrick T.
(författare)
-
Engwerda, Christian R.
(författare)
-
Heath, William R.
(författare)
-
Billker, OliverWellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, U.K.(Swepub:umu)olbi0005
(författare)
-
Stegle, Oliver
(författare)
-
Haque, Ashraful
(författare)
-
Teichmann, Sarah A.
(författare)
-
Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, U.K.
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Science immunology: American Association for the Advancement of Science (AAAS)2:92470-9468
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lönnberg, Tapio
-
Svensson, Valent ...
-
James, Kylie R.
-
Fernandez-Ruiz, ...
-
Sebina, Ismail
-
Montandon, Ruddy
-
visa fler...
-
Soon, Megan S. F ...
-
Fogg, Lily G.
-
Nair, Arya Sheel ...
-
Liligeto, Urijah
-
Stubbington, Mic ...
-
Ly, Lam-Ha
-
Bagger, Frederik ...
-
Zwiessele, Max
-
Lawrence, Neil D ...
-
Souza-Fonseca-Gu ...
-
Bunn, Patrick T.
-
Engwerda, Christ ...
-
Heath, William R ...
-
Billker, Oliver
-
Stegle, Oliver
-
Haque, Ashraful
-
Teichmann, Sarah ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
- Artiklar i publikationen
-
Science immunolo ...
- Av lärosätet
-
Umeå universitet