Tyck till om SwePub Sök här!
WFRF:(Chattopadhyay Subhayan)
Sökning: WFRF:(Chattopadhyay Subhayan) > DEVOLUTION—A method...
- 1 av 33
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
DEVOLUTION—A method for phylogenetic reconstruction of aneuploid cancers based on multiregional genotyping data
-
- Andersson, Natalie (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Cancercellers evolution,Forskargrupper vid Lunds universitet,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,Pathways of cancer cell evolution,Lund University Research Groups
-
- Chattopadhyay, Subhayan (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Cancercellers evolution,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,Pathways of cancer cell evolution,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments
-
- Valind, Anders (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Skåne University Hospital
- visa fler...
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- 2021-09-20
- 2021
- Engelska.
- Ingår i: Communications Biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2399-3642. ; 4
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Phylogenetic reconstruction of cancer cell populations remains challenging. There is a particular lack of tools that deconvolve clones based on copy number aberration analyses of multiple tumor biopsies separated in time and space from the same patient. This has hampered investigations of tumors rich in aneuploidy but few point mutations, as in many childhood cancers and high-risk adult cancer. Here, we present DEVOLUTION, an algorithm for subclonal deconvolution followed by phylogenetic reconstruction from bulk genotyping data. It integrates copy number and sequencing information across multiple tumor regions throughout the inference process, provided that the mutated clone fraction for each mutation is known. We validate DEVOLUTION on data from 56 pediatric tumors comprising 253 tumor biopsies and show a robust performance on simulations of bulk genotyping data. We also benchmark DEVOLUTION to similar bioinformatic tools using an external dataset. DEVOLUTION holds the potential to facilitate insights into the development, progression, and response to treatment, particularly in tumors with high burden of chromosomal copy number alterations.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
- 1 av 33
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Andersson, Natal ...
- Chattopadhyay, S ...
- Valind, Anders
- Karlsson, Jenny
- Gisselsson Nord, ...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Klinisk medicin
- och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
- Communications B ...
- Av lärosätet
- Lunds universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
