SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Sundström Görel)
 

Sökning: WFRF:(Sundström Görel) > Webster Matthew T. > Population-scale se...

  • Lamichhaney, SangeetUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab (författare)

Population-scale sequencing reveals genetic differentiation due to local adaptation in Atlantic herring

  • Artikel/kapitelEngelska2012

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2012-11-07
  • Proceedings of the National Academy of Sciences,2012
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-191049
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-191049URI
  • https://doi.org/10.1073/pnas.1216128109DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-84763URI
  • https://res.slu.se/id/publ/43065URI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:125791667URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • The Atlantic herring (Clupea harengus), one of the most abundant marine fishes in the world, has historically been a critical food source in Northern Europe. It is one of the few marine species that can reproduce throughout the brackish salinity gradient of the Baltic Sea. Previous studies based on few genetic markers have revealed a conspicuous lack of genetic differentiation between geographic regions, consistent with huge population sizes and minute genetic drift. Here, we present a cost-effective genome-wide study in a species that lacks a genome sequence. We first assembled amuscle transcriptome and then aligned genomic reads to the transcripts, creating an "exome assembly," capturing both exons and flanking sequences. We then resequenced pools of fish from a wide geographic range, including the Northeast Atlantic, as well as different regions in the Baltic Sea, aligned the reads to the exome assembly, and identified 440,817 SNPs. The great majority of SNPs showed no appreciable differences in allele frequency among populations; however, several thousand SNPs showed striking differences, some approaching fixation for different alleles. The contrast between low genetic differentiation at most loci and striking differences at others implies that the latter category primarily reflects natural selection. A simulation study confirmed that the distribution of the fixation index F-ST deviated significantly from expectation for selectively neutral loci. This study provides insights concerning the population structure of an important marine fish and establishes the Atlantic herring as a model for population genetic studies of adaptation and natural selection.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Barrio, Alvaro MartinezUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)almar255 (författare)
  • Rafati, NimaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)nimra236 (författare)
  • Sundström, GörelUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)gosun020 (författare)
  • Rubin, Carl-JohanUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)carub021 (författare)
  • Gilbert, Elizabeth R.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab (författare)
  • Berglund, JonasUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)jonbe185 (författare)
  • Wetterbom, Anna (författare)
  • Laikre, LindaStockholms universitet,Zoologiska institutionen(Swepub:su)laikre (författare)
  • Webster, Matthew T.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)maweb226 (författare)
  • Grabherr, ManfredUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)mangr224 (författare)
  • Ryman, NilsStockholms universitet,Zoologiska institutionen(Swepub:su)ryman (författare)
  • Andersson, LeifSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics,Uppsala University(Swepub:slu)48730 (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (creator_code:org_t)
  • Sveriges lantbruksuniversitet

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America: Proceedings of the National Academy of Sciences109:47, s. 19345-193500027-84241091-6490

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy