SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Söderkvist Peter 1953 )
 

Sökning: WFRF:(Söderkvist Peter 1953 ) > Lindblad Toh Kerstin > Association of Prot...

  • Nordin, JessikaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University, Uppsala, Sweden; Science for Life Laboratory, Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden (författare)

Association of Protective HLA-A With HLA-B∗27 Positive Ankylosing Spondylitis

  • Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2021-07-15
  • Lausanne, Switzerland :Frontiers Media S.A.2021
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-458671
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-458671URI
  • https://doi.org/10.3389/fgene.2021.659042DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-183696URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Funding agencies: Swedish Research Council, FORMAS (Dnr 2012-1531), Knut and Alice Wallenberg Foundation (Dnr 2012-0268), Swedish Research Council for Medicine and Health (D0283001 and Dnr 2018-02399), the Swedish Rheumatism Association, and King Gustaf V’s 80-year Foundation. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.
  • Objectives: To further elucidate the role of the MHC in ankylosing spondylitis by typing 17 genes, searching for HLA-B∗27 independent associations and assessing the impact of sex on this male biased disease.Methods: High-confidence two-field resolution genotyping was performed on 310 cases and 2196 controls using an n-1 concordance method. Protein-coding variants were called from next-generation sequencing reads using up to four software programs and the consensus result recorded. Logistic regression tests were applied to the dataset as a whole, and also in stratified sets based on sex or HLA-B∗27 status. The amino acids driving association were also examined.Results: Twenty-five HLA protein-coding variants were significantly associated to disease in the population. Three novel protective associations were found in a HLA-B∗27 positive population, HLA-A∗24:02 (OR = 0.4, CI = 0.2–0.7), and HLA-A amino acids Leu95 and Gln156. We identified a key set of seven loci that were common to both sexes, and robust to change in sample size. Stratifying by sex uncovered three novel risk variants restricted to the female population (HLA-DQA1∗04.01, -DQB1∗04:02, -DRB1∗08:01; OR = 2.4–3.1). We also uncovered a set of neutral variants in the female population, which in turn conferred strong effects in the male set, highlighting how population composition can lead to the masking of true associations.Conclusion: Population stratification allowed for a nuanced investigation into the tightly linked MHC region, revealing novel HLA-B∗27 signals as well as replicating previous HLA-B∗27 dependent results. This dissection of signals may help to elucidate sex biased disease predisposition and clinical progression.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Pettersson, MatsUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)mapet205 (författare)
  • Hultin Rosenberg, LinaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)linhu641 (författare)
  • Mathioudaki, Argyri,Ph.D student,1986-Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för medicinska vetenskaper,Science for Life Laboratory, Department of Medical Sciences, Uppsala University, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)argma542 (författare)
  • Karlsson, ÅsaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)asaka483 (författare)
  • Murén, EvaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)evmur020 (författare)
  • Tandre, KarolinaUppsala universitet,Reumatologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Science for Life Laboratory, Department of Medical Sciences, Uppsala University, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)karotand (författare)
  • Rönnblom, LarsUppsala universitet,Reumatologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Science for Life Laboratory, Department of Medical Sciences, Uppsala University, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)larsronn (författare)
  • Kastbom, Alf,1978-Linköpings universitet,Medicinska fakulteten,Avdelningen för inflammation och infektion,Region Östergötland, Reumatologiska kliniken i Östergötland(Swepub:liu)alfka05 (författare)
  • Cedergren, Jan,1965-Linköpings universitet,Avdelningen för inflammation och infektion,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Reumatologiska kliniken i Östergötland(Swepub:liu)jance71 (författare)
  • Eriksson, Per,1958-Linköpings universitet,Avdelningen för inflammation och infektion,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Reumatologiska kliniken i Östergötland(Swepub:liu)perer22 (författare)
  • Söderkvist, Peter,1953-Linköpings universitet,Avdelningen för cellbiologi,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)petso43 (författare)
  • Lindblad-Toh, KerstinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University, Uppsala, Sweden; Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, United States(Swepub:uu)kerli865 (författare)
  • Meadows, Jennifer R. S.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)jenme818 (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Frontiers in GeneticsLausanne, Switzerland : Frontiers Media S.A.121664-8021

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy