SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Gustavsson Johan 1974 )
 

Sökning: WFRF:(Gustavsson Johan 1974 ) > (2005-2009) > Thorlin Thorleif > An automatic system...

  • Degerman, Johan,1976Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology (författare)

An automatic system for in vitro cell migration studies

  • Artikel/kapitelEngelska2009

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • Wiley,2009

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/96738
  • https://gup.ub.gu.se/publication/96738URI
  • https://doi.org/10.1111/j.1365-2818.2008.03108.xDOI
  • https://research.chalmers.se/publication/96738URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • This paper describes a system for in vitro cell migration analysis. Adult neural stem/progenitor cells are studied using time-lapse bright-field microscopy and thereafter stained immunohistochemically to find and distinguish undifferentiated glial progenitor cells and cells having differentiated into type-1 or type-2 astrocytes. The cells are automatically segmented and tracked through the time-lapse sequence. An extension to the Chan-Vese Level Set segmentation algorithm, including two new terms for specialized growing and pruning, made it possible to resolve clustered cells, and reduced the tracking error by 65%. We used a custom-built manual correction module to form a ground truth used as a reference for tracked cells that could be identified from the fluorescence staining. On average, the tracks were correct 95% of the time, using our new segmentation. The tracking, or association of segmented cells, was performed using a 2-state Hidden Markov Model describing the random behaviour of the cells. By re-estimating the motion model to conform with the segmented data we managed to reduce the number of tracking parameters to essentially only one. Upon characterization of the cell migration by the HMM state occupation function, it was found that glial progenitor cells were moving randomly 2/3 of the time, while the type-2 astrocytes showed a directed movement 2/3 of the time. This finding indicates possibilities for cell-type specific identification and cell sorting of live cells based on specific movement patterns in individual cell populations, which would have valuable applications in neurobiological research.

Ämnesord och genrebeteckningar

  • Animals
  • Cell Movement
  • Cells
  • Cultured
  • Microscopy
  • Video
  • methods
  • Rats
  • Stem Cells
  • physiology
  • Cultured

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Thorlin, ThorleifGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för klinisk neurovetenskap och rehabilitering,Institute of Neuroscience and Physiology, Department of Clinical Neuroscience and Rehabilitation,University of Gothenburg(Swepub:gu)xthoth (författare)
  • Faijerson, Jonas,1977Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för klinisk neurovetenskap och rehabilitering,Institute of Neuroscience and Physiology, Department of Clinical Neuroscience and Rehabilitation,University of Gothenburg(Swepub:gu)xfaijo (författare)
  • Althoff, Karin,1974Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)althoff (författare)
  • Eriksson, Peter S,1959Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för klinisk neurovetenskap och rehabilitering,Institute of Neuroscience and Physiology, Department of Clinical Neuroscience and Rehabilitation,University of Gothenburg(Swepub:gu)xerikp (författare)
  • Put, R V DChalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology (författare)
  • Gustavsson, Tomas,1954Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)gustav (författare)
  • Chalmers tekniska högskolaInstitutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för klinisk neurovetenskap och rehabilitering (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Journal of Microscopy: Wiley233:1, s. 178-1910022-27201365-2818

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy