SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Vreeswijk Maaike P. G.)
 

Sökning: WFRF:(Vreeswijk Maaike P. G.) > Alternative splicin...

  • Lopez-Perolio, IreneHospital Clinico San Carlos de Madrid (författare)

Alternative splicing and ACMG-AMP-2015-based classification of PALB2 genetic variants : An ENIGMA report

  • Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2019-03-19
  • BMJ,2019

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:1528ef2d-baeb-49f9-9abb-017ef2455760
  • https://lup.lub.lu.se/record/1528ef2d-baeb-49f9-9abb-017ef2455760URI
  • https://doi.org/10.1136/jmedgenet-2018-105834DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype
  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

  • Background: PALB2 monoallelic loss-of-function germ-line variants confer a breast cancer risk comparable to the average BRCA2 pathogenic variant. Recommendations for risk reduction strategies in carriers are similar. Elaborating robust criteria to identify loss-of-function variants in PALB2 - without incurring overprediction - is thus of paramount clinical relevance. Towards this aim, we have performed a comprehensive characterisation of alternative splicing in PALB2, analysing its relevance for the classification of truncating and splice site variants according to the 2015 American College of Medical Genetics and Genomics-Association for Molecular Pathology guidelines. Methods: Alternative splicing was characterised in RNAs extracted from blood, breast and fimbriae/ovary-related human specimens (n=112). RNAseq, RT-PCR/CE and CloneSeq experiments were performed by five contributing laboratories. Centralised revision/curation was performed to assure high-quality annotations. Additional splicing analyses were performed in PALB2 c.212-1G>A, c.1684+1G>A, c.2748+2T>G, c.3113+5G>A, c.3350+1G>A, c.3350+4A>C and c.3350+5G>A carriers. The impact of the findings on PVS1 status was evaluated for truncating and splice site variant. Results: We identified 88 naturally occurring alternative splicing events (81 newly described), including 4 in-frame events predicted relevant to evaluate PVS1 status of splice site variants. We did not identify tissue-specific alternate gene transcripts in breast or ovarian-related samples, supporting the clinical relevance of blood-based splicing studies. Conclusions: PVS1 is not necessarily warranted for splice site variants targeting four PALB2 acceptor sites (exons 2, 5, 7 and 10). As a result, rare variants at these splice sites cannot be assumed pathogenic/likely pathogenic without further evidences. Our study puts a warning in up to five PALB2 genetic variants that are currently reported as pathogenic/likely pathogenic in ClinVar.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Leman, RaphaëlCentre François Baclesse (författare)
  • Behar, RaquelHospital Clinico San Carlos de Madrid (författare)
  • Lattimore, VanessaUniversity of Otago (författare)
  • Pearson, John F.University of Otago (författare)
  • Castéra, LaurentCentre François Baclesse (författare)
  • Martins, AlexandraUniversity of Rouen (författare)
  • Vaur, DominiqueCentre François Baclesse (författare)
  • Goardon, NicolasCentre François Baclesse (författare)
  • Davy, GrégoireCentre François Baclesse (författare)
  • Garre, PilarHospital Clinico San Carlos de Madrid (författare)
  • García-Barberán, VanesaHospital Clinico San Carlos de Madrid (författare)
  • Llovet, Patricia (författare)
  • Pérez-Segura, PedroHospital Clinico San Carlos de Madrid (författare)
  • Díaz-Rubio, EduardoHospital Clinico San Carlos de Madrid (författare)
  • Caldés, TrinidadHospital Clinico San Carlos de Madrid (författare)
  • Hruska, Kathleen S. (författare)
  • Hsuan, Vickie (författare)
  • Wu, Sitao (författare)
  • Pesaran, Tina (författare)
  • Karam, Rachid (författare)
  • Vallon-Christersson, JohanLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)onk-jvc (författare)
  • Borg, AkeSkåne University Hospital(Swepub:lu)onk-abo (författare)
  • Investigators, KconfabUniversity of Melbourne,Peter MacCallum Cancer Centre (författare)
  • Valenzuela-Palomo, Alberto (författare)
  • Velasco, Eladio Andrés (författare)
  • Southey, MelissaUniversity of Melbourne (författare)
  • Vreeswijk, Maaike P.G.Leiden University Medical Centre (författare)
  • Devilee, PeterLeiden University Medical Centre (författare)
  • Kvist, AndersLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)ekol-akv (författare)
  • Spurdle, Amanda B.QIMR Berghofer Medical Research Institute (författare)
  • Walker, Logan C.University of Otago (författare)
  • Krieger, SophieCentre François Baclesse (författare)
  • De La Hoya, MiguelHospital Clinico San Carlos de Madrid (författare)
  • Hospital Clinico San Carlos de MadridCentre François Baclesse (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Journal of Medical Genetics: BMJ56:7, s. 453-4600022-25931468-6244

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy