Identification and Functional Characterization of G6PC2 Coding Variants Influencing Glycemic Traits Define an Effector Transcript at the G6PC2-ABCB11 Locus.

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: WFRF:(Neville Matt) > (2015) > Gjesing Anette P > Identification and ...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Mahajan, Anubha (författare)

Identification and Functional Characterization of G6PC2 Coding Variants Influencing Glycemic Traits Define an Effector Transcript at the G6PC2-ABCB11 Locus.

Artikel/kapitelEngelska2015

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2015-01-27
Public Library of Science (PLoS),2015
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:92e5271a-2f84-40bf-9352-b6d46d93d415
https://lup.lub.lu.se/record/5039464URI
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004876DOI
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-242802URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

Genome wide association studies (GWAS) for fasting glucose (FG) and insulin (FI) have identified common variant signals which explain 4.8% and 1.2% of trait variance, respectively. It is hypothesized that low-frequency and rare variants could contribute substantially to unexplained genetic variance. To test this, we analyzed exome-array data from up to 33,231 non-diabetic individuals of European ancestry. We found exome-wide significant (P<5×10-7) evidence for two loci not previously highlighted by common variant GWAS: GLP1R (p.Ala316Thr, minor allele frequency (MAF)=1.5%) influencing FG levels, and URB2 (p.Glu594Val, MAF = 0.1%) influencing FI levels. Coding variant associations can highlight potential effector genes at (non-coding) GWAS signals. At the G6PC2/ABCB11 locus, we identified multiple coding variants in G6PC2 (p.Val219Leu, p.His177Tyr, and p.Tyr207Ser) influencing FG levels, conditionally independent of each other and the non-coding GWAS signal. In vitro assays demonstrate that these associated coding alleles result in reduced protein abundance via proteasomal degradation, establishing G6PC2 as an effector gene at this locus. Reconciliation of single-variant associations and functional effects was only possible when haplotype phase was considered. In contrast to earlier reports suggesting that, paradoxically, glucose-raising alleles at this locus are protective against type 2 diabetes (T2D), the p.Val219Leu G6PC2 variant displayed a modest but directionally consistent association with T2D risk. Coding variant associations for glycemic traits in GWAS signals highlight PCSK1, RREB1, and ZHX3 as likely effector transcripts. These coding variant association signals do not have a major impact on the trait variance explained, but they do provide valuable biological insights.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Sim, Xueling (författare)
Ng, Hui Jin (författare)
Manning, Alisa (författare)
Rivas, Manuel A (författare)
Highland, Heather M (författare)
Locke, Adam E (författare)
Grarup, Niels (författare)
Im, Hae Kyung (författare)
Cingolani, Pablo (författare)
Flannick, Jason (författare)
Fontanillas, Pierre (författare)
Fuchsberger, Christian (författare)
Gaulton, Kyle J (författare)
Teslovich, Tanya M (författare)
Rayner, N William (författare)
Robertson, Neil R (författare)
Lannfelt, LarsUppsala universitet,Geriatrik(Swepub:uu)lalan021 (författare)
Rundle, Jana K (författare)
Bork-Jensen, Jette (författare)
Ladenvall, ClaesLund University,Lunds universitet,Genomik, diabetes och endokrinologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genomics, Diabetes and Endocrinology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-cll (författare)
Blancher, Christine (författare)
Buck, David (författare)
Buck, Gemma (författare)
Burtt, Noël P (författare)
Gabriel, Stacey (författare)
Gjesing, Anette P (författare)
Groves, Christopher J (författare)
Hollensted, Mette (författare)
Huyghe, Jeroen R (författare)
Jackson, Anne U (författare)
Jun, Goo (författare)
Justesen, Johanne Marie (författare)
Mangino, Massimo (författare)
Murphy, Jacquelyn (författare)
Neville, Matt (författare)
Onofrio, Robert (författare)
Small, Kerrin S (författare)
Stringham, Heather M (författare)
Syvänen, Ann-ChristineUppsala universitet,Molekylär medicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)anncsyva (författare)
Trakalo, Joseph (författare)
Abecasis, Goncalo (författare)
Bell, Graeme I (författare)
Blangero, John (författare)
Cox, Nancy J (författare)
Duggirala, Ravindranath (författare)
Lind, LarsUppsala universitet,Kardiovaskulär epidemiologi(Swepub:uu)larslind (författare)
Seielstad, Mark (författare)
Wilson, James G (författare)
Christensen, Cramer (författare)
Brandslund, Ivan (författare)
Rauramaa, Rainer (författare)
Surdulescu, Gabriela L (författare)
Doney, Alex S F (författare)
Lannfelt, Lars (författare)
Linneberg, Allan (författare)
Isomaa, Bo (författare)
Tuomi, Tiinamaija (författare)
Jørgensen, Marit E (författare)
Jørgensen, Torben (författare)
Kuusisto, Johanna (författare)
Uusitupa, Matti (författare)
Salomaa, Veikko (författare)
Spector, Timothy D (författare)
Morris, Andrew D (författare)
Palmer, Colin N A (författare)
Collins, Francis S (författare)
Mohlke, Karen L (författare)
Bergman, Richard N (författare)
Ingelsson, ErikUppsala universitet,Molekylär epidemiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)ering425 (författare)
Lind, Lars (författare)
Tuomilehto, Jaakko (författare)
Hansen, Torben (författare)
Watanabe, Richard M (författare)
Prokopenko, Inga (författare)
Dupuis, Josee (författare)
Karpe, Fredrik (författare)
Groop, LeifLund University,Lunds universitet,Genomik, diabetes och endokrinologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genomics, Diabetes and Endocrinology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)endo-lgr (författare)
Laakso, Markku (författare)
Pedersen, Oluf (författare)
Florez, Jose C (författare)
Morris, Andrew P (författare)
Altshuler, David (författare)
Meigs, James B (författare)
Boehnke, Michael (författare)
McCarthy, Mark I (författare)
Lindgren, Cecilia M (författare)
Gloyn, Anna L (författare)
Uppsala universitetGeriatrik (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:PLoS Genetics: Public Library of Science (PLoS)11:11553-74041553-7390

Internetlänk

Hitta via bibliotek

PLoS Genetics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Mahajan, Anubha; Sim, Xueling; Ng, Hui Jin; Manning, Alisa; Rivas, Manuel A; Highland, Heathe ...; visa fler...; Locke, Adam E; Grarup, Niels; Im, Hae Kyung; Cingolani, Pablo; Flannick, Jason; Fontanillas, Pie ...; Fuchsberger, Chr ...; Gaulton, Kyle J; Teslovich, Tanya ...; Rayner, N Willia ...; Robertson, Neil ...; Lannfelt, Lars; Rundle, Jana K; Bork-Jensen, Jet ...; Ladenvall, Claes; Blancher, Christ ...; Buck, David; Buck, Gemma; Burtt, Noël P; Gabriel, Stacey; Gjesing, Anette ...; Groves, Christop ...; Hollensted, Mett ...; Huyghe, Jeroen R; Jackson, Anne U; Jun, Goo; Justesen, Johann ...; Mangino, Massimo; Murphy, Jacquely ...; Neville, Matt; Onofrio, Robert; Small, Kerrin S; Stringham, Heath ...; Syvänen, Ann-Chr ...; Trakalo, Joseph; Abecasis, Goncal ...; Bell, Graeme I; Blangero, John; Cox, Nancy J; Duggirala, Ravin ...; Lind, Lars; Seielstad, Mark; Wilson, James G; Christensen, Cra ...; Brandslund, Ivan; Rauramaa, Rainer; Surdulescu, Gabr ...; Doney, Alex S F; Linneberg, Allan; Isomaa, Bo; Tuomi, Tiinamaij ...; Jørgensen, Marit ...; Jørgensen, Torbe ...; Kuusisto, Johann ...; Uusitupa, Matti; Salomaa, Veikko; Spector, Timothy ...; Morris, Andrew D; Palmer, Colin N ...; Collins, Francis ...; Mohlke, Karen L; Bergman, Richard ...; Ingelsson, Erik; Tuomilehto, Jaak ...; Hansen, Torben; Watanabe, Richar ...; Prokopenko, Inga; Dupuis, Josee; Karpe, Fredrik; Groop, Leif; Laakso, Markku; Pedersen, Oluf; Florez, Jose C; Morris, Andrew P; Altshuler, David; Meigs, James B; Boehnke, Michael; McCarthy, Mark I; Lindgren, Cecili ...; Gloyn, Anna L; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Endokrinologi oc ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

Artiklar i publikationen: PLoS Genetics

Av lärosätet: Lunds universitet; Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se