Genomic basis for RNA alterations in cancer

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: WFRF:(Borg Philip) > Genomic basis for R...

Genomic basis for RNA alterations in cancer

Calabrese, Claudia (författare): European Bioinformatics Institute

Davidson, Natalie R (författare): ETH Zürich

Demircioğlu, Deniz (författare): National University of Singapore

visa fler...

Fonseca, Nuno A (författare): European Bioinformatics Institute

He, Yao (författare): Peking University

Kahles, André (författare): ETH Zürich

Lehmann, Kjong-Van (författare): ETH Zürich

Liu, Fenglin (författare): Peking University

Shiraishi, Yuichi (författare): University of Tokyo

Soulette, Cameron M (författare): University of California, Santa Cruz

Urban, Lara (författare): European Bioinformatics Institute

Greger, Liliana (författare): European Bioinformatics Institute

Li, Siliang (författare): Beijing Genomics Institute

Liu, Dongbing (författare): Beijing Genomics Institute

Perry, Marc D (författare): Ontario Institute for Cancer Research

Xiang, Qian (författare): Ontario Institute for Cancer Research

Zhang, Fan (författare): Peking University

Zhang, Junjun (författare): Ontario Institute for Cancer Research

Bailey, Peter (författare): University of Glasgow

Erkek, Serap (författare): European Molecular Biology Laboratory Heidelberg

Hoadley, Katherine A (författare): University of North Carolina

Hou, Yong (författare): Beijing Genomics Institute

Huska, Matthew R (författare): Berlin Institute for Medical Systems Biology

Kilpinen, Helena (författare): University College London

Korbel, Jan O (författare): European Molecular Biology Laboratory Heidelberg

Marin, Maximillian G (författare): University of California, Santa Cruz

Markowski, Julia (författare): Berlin Institute for Medical Systems Biology

Nandi, Tannistha (författare): A*Star, Genome Institute of Singapore (GIS)

Pan-Hammarström, Qiang (författare): Karolinska Institutet

Pedamallu, Chandra Sekhar (författare): Broad Institute

Siebert, Reiner (författare): University of Ulm,University Hospital of Ulm

Stark, Stefan G (författare): ETH Zürich

Su, Hong (författare): Beijing Genomics Institute

Tan, Patrick (författare): A*Star, Genome Institute of Singapore (GIS)

Waszak, Sebastian M (författare): European Molecular Biology Laboratory Heidelberg

Yung, Christina (författare): Ontario Institute for Cancer Research

Zhu, Shida (författare): Beijing Genomics Institute

Awadalla, Philip (författare): Ontario Institute for Cancer Research

Creighton, Chad J (författare): Baylor College of Medicine

Meyerson, Matthew (författare): Broad Institute

Ouellette, B F Francis (författare): University of Toronto

Wu, Kui (författare): Beijing Genomics Institute

Yang, Huanming (författare): Beijing Genomics Institute

Brazma, Alvis (författare): European Bioinformatics Institute

Brooks, Angela N (författare): University of California, Santa Cruz

Göke, Jonathan (författare): A*Star, Genome Institute of Singapore (GIS)

Rätsch, Gunnar (författare): ETH Zürich

Schwarz, Roland F (författare): European Bioinformatics Institute

Stegle, Oliver (författare): European Bioinformatics Institute

Zhang, Zemin (författare): Peking University

Borg, Åke (creator_code:cre_t): Lund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Familjär bröstcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Familial Breast Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments

Ringnér, Markus (creator_code:cre_t): Lund University,Lunds universitet,Molekylär cellbiologi,Biologiska institutionen,Naturvetenskapliga fakulteten,Molecular Cell Biology,Department of Biology,Faculty of Science

Staaf, Johan (creator_code:cre_t): Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för translationell cancerforskning,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Division of Translational Cancer Research,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund

visa färre...

(creator_code:org_t)

2020-02-05
2020
Engelska.
Ingår i: Nature. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 578:7793, s. 129-136

Relaterad länk:: http://dx.doi.org/10... (free); visa fler...; https://www.nature.c...; https://lup.lub.lu.s...; https://doi.org/10.1...; http://kipublication...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Transcript alterations often result from somatic changes in cancer genomes1. Various forms of RNA alterations have been described in cancer, including overexpression2, altered splicing3 and gene fusions4; however, it is difficult to attribute these to underlying genomic changes owing to heterogeneity among patients and tumour types, and the relatively small cohorts of patients for whom samples have been analysed by both transcriptome and whole-genome sequencing. Here we present, to our knowledge, the most comprehensive catalogue of cancer-associated gene alterations to date, obtained by characterizing tumour transcriptomes from 1,188 donors of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA)5. Using matched whole-genome sequencing data, we associated several categories of RNA alterations with germline and somatic DNA alterations, and identified probable genetic mechanisms. Somatic copy-number alterations were the major drivers of variations in total gene and allele-specific expression. We identified 649 associations of somatic single-nucleotide variants with gene expression in cis, of which 68.4% involved associations with flanking non-coding regions of the gene. We found 1,900 splicing alterations associated with somatic mutations, including the formation of exons within introns in proximity to Alu elements. In addition, 82% of gene fusions were associated with structural variants, including 75 of a new class, termed 'bridged' fusions, in which a third genomic location bridges two genes. We observed transcriptomic alteration signatures that differ between cancer types and have associations with variations in DNA mutational signatures. This compendium of RNA alterations in the genomic context provides a rich resource for identifying genes and mechanisms that are functionally implicated in cancer.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)

Nyckelord

DNA Copy Number Variations
DNA, Neoplasm
Gene Expression Regulation, Neoplastic
Genome, Human
Genomics
Humans
Neoplasms/genetics
RNA/genetics
Transcriptome

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Nature (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Calabrese, Claud ...; Davidson, Natali ...; Demircioğlu, Den ...; Fonseca, Nuno A; He, Yao; Kahles, André; visa fler...; Lehmann, Kjong-V ...; Liu, Fenglin; Shiraishi, Yuich ...; Soulette, Camero ...; Urban, Lara; Greger, Liliana; Li, Siliang; Liu, Dongbing; Perry, Marc D; Xiang, Qian; Zhang, Fan; Zhang, Junjun; Bailey, Peter; Erkek, Serap; Hoadley, Katheri ...; Hou, Yong; Huska, Matthew R; Kilpinen, Helena; Korbel, Jan O; Marin, Maximilli ...; Markowski, Julia; Nandi, Tannistha; Pan-Hammarström, ...; Pedamallu, Chand ...; Siebert, Reiner; Stark, Stefan G; Su, Hong; Tan, Patrick; Waszak, Sebastia ...; Yung, Christina; Zhu, Shida; Awadalla, Philip; Creighton, Chad ...; Meyerson, Matthe ...; Ouellette, B F F ...; Wu, Kui; Yang, Huanming; Brazma, Alvis; Brooks, Angela N; Göke, Jonathan; Rätsch, Gunnar; Schwarz, Roland ...; Stegle, Oliver; Zhang, Zemin; Borg, Åke; Ringnér, Markus; Staaf, Johan; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

Artiklar i publikationen: Nature

Av lärosätet: Lunds universitet; Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se